三本毕业证与二本毕业证存在差异。主要在学术认可、用人单位招聘标准和考研门槛方面存在明显的区别。二本毕业证更具学术认可度,更受用人单位青睐,且考研门槛相对较低。三本毕业证在求职方面相对劣势,需要付出更多努力。