1941年3月16日，江西省政府正式决议，成立了江西省立赣县高级助产职业学校。该校于4月启动筹备，7月开展招生工作，并于8月1日正式开课。到了1944年12月，因日军即将占领赣州，学校不得不迁移至宁都县云田乡布头村，借用当地民房继续办学。抗战胜利后的1945年，学校迁回赣州，同时保留了宁都分校继续运营。
同年，学校在上饶增设了分校。1946年，遵循省教育厅的政策，宁都和上饶的分校开始独立运作。1947年9月，江西省立赣县高级助产职业学校更名为江西省立赣县高级医事职业学校。
1949年，学校更名为江西省赣州护士助产学校。1951年，赣州市立医院附设的护士学校并入该校，同年，江西省第四医士学校和江西省第七医士学校相继成立。1953年，江西省赣州护士助产学校与江西省第四医士学校合并，组成了江西省赣州卫生学校，同时吉安第七医士学校撤销，其学生并入该校。
1958年，江西省赣州卫生学校升格为赣南医学专科学校。1959年，赣南医学专科学校进一步升格为赣南医学院。1962年，赣南医学院改为赣南医学专科学校，并接纳了赣东大学（医科学生）、井冈山大学（医科学生）和景德镇医学专科学校的学生。同年，赣州专区人民医院、赣州专区妇幼保健院、赣州市第一医院被指定为学校的教学医院。1963年，学校成立了科委会。
1968年12月，赣南医学专科学校被改建为赣州地区六·二六卫生人员学习班。1969年11月，该学习班更名为赣州地区六二六卫生学校。1972年1月，赣州地区六二六卫生学校更名为赣南卫生学校，1974年6月，赣南卫生学校恢复大专体制，升格为赣南医学专科学校。
1982年4月，学校启动了升格为五年制本科学校的准备工作。1983年，学校首创了“生理卫生师资兼校医”专业，后更名为“学校医学”专业。1985年，学校开办了“妇女保健”专业，后更名为“妇幼卫生”专业。
1984年4月和6月，江西省人民政府办公厅分别发布通知，将赣州市第一医院和赣州专区妇幼保健院列为学校的第二、第三附属医院。
1988年4月，赣南医学专科学校升格为赣南医学院，当月，杨成武将军题写了校名。9月27日，学校举行了赣南医学院成立大会暨开学典礼。1993年6月，学校被列为学士学位授予单位。1997年，国家教委公布学校为本科教学评估合格学校。2005年，赣州铁路医院并入赣南医学院。
以下为学校各院系培养层次、专业名称、授予学位及修业年限：
- 基础医学院：本科，临床医学专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，预防医学专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，法医学专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，生物技术专业，理学学士学位，修业年限五年。
- 第一临床医学院：本科，临床医学（中西医结合临床方向）专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，临床医学（影像诊断方向）专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，临床医学（医事法学方向）专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，临床医学（医学心理学方向）专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，临床医学（眼耳鼻喉方向）专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 本科，麻醉学专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 专科，临床医学（全科医学方向）专业，修业年限三年。
- 专科，医学检验技术专业，医学学士学位，修业年限五年。
- 专科，临床医学专业，修业年限三年。
- 人文社会科学学院：本科，公共事业管理专业。
- 本科，英语专业，文学学士学位，修业年限四年。
- 本科，法学专业，法学学士学位，修业年限四年。
- 本科，应用心理学专业，理学学士学位，修业年限四年。
- 康复学院：本科，运动人体科学专业。
- 护理学院：本科，护理学专业，医学学士学位，修业年限四年。
- 本科，中药学专业，理学学士学位，修业年限四年。
- 信息工程学院：本科，生物医学工程专业，工学学士学位，修业年限四年。
- 专科，医疗器械制造与维护专业。
- 国际教育学院：专科，涉外护理专业，修业年限三年。
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