自1902年新学兴起,河南设立公立学堂下设农科,(2011年四月初河南农业大学校长与台湾学者交流期间,查证台湾档案馆,取得相应证明)至1912年民国成立,该校发展为农业专门学校,旨在培育农业领域的专业人才。当年,河南都督张镇芳向民国教育部提交申请,将河南高等学校改为河南公立农业专门学校,并于同年10月递送申请,11月得到教育总长范源濂、教育次长董鸿祎等的共同签署批准。
1913年,河南公立农业专门学校正式招生,预科生分为农林两班,每班80人,共计160名学生。同年,还招收蚕科学生60名,于1914年元月入学,农、林、蚕预科共设3班,每班学生60名。
到了1927年6月,冯玉祥担任河南省主席,在国民党中央委员会开封政治分会委员提议及河南教育界人士请求下,开始筹备设立“国立开封中山大学”,河南省政府决定将河南公立农业专门学校、中州大学(1922年11月,河南留学欧美预备学校更名为中州大学)、河南公立法政专门学校合并,成立国立开封中山大学(国立第五中山大学)。
1927年7月,国立开封中山大学正式宣告成立,后更名为河南省立开封中山大学。1930年9月,学校更名为河南大学,同时河南第一甲种农业学校并入。在抗日战争期间,河南大学历经河南信阳、南阳、洛阳,陕西西安、宝鸡等地辗转,尽管图书、资料及仪器损失严重,但始终坚持办学。
1938年6月,河南大学农学院畜牧系并入陕西武功国立农林专科学校,成立国立西北农学院。1942年3月,省立河南大学改为国立河南大学。1948年暑假期间,南京政府教育部命令河南大学南迁苏州,农学院租用城内狮子林后院作为学生宿舍。1949年7月,河南大学各学院返回开封。
1952年8月,全国院系大调整,河南大学农学院独立为河南农学院。同年9月,河南农学院畜牧兽医系并入江西农学院,植物保护系并入华中农学院。平原农学院并入河南农学院16人。1957年2月,河南农学院迁校至郑州市。1959年10月,偃师小麦学校并入河南农学院。
1960年,郑州农业机械化专科学校并入,成立河南农学院农业机械化分院。1971年8月,河南农学院被迫迁至许昌办学。同年11月,郑州粮食学院粮油工业系并入河南农学院。1973年7月,粮油工业系从河南农学院调出,恢复郑州粮食学院。1975年3月,河南农学院更名为许昌农学院。
1977年4月,学校恢复“河南农学院”校名,并逐步迁回郑州。1984年12月,学校更名为“河南农业大学”。1993年80周年校庆时,确立了“团结、勤奋、严谨、求实”的校训。
1996年,河南农业大学组建国家小麦工程技术研究中心。2000年,河南农业大学获得一级学科博士学位授予权,成为河南省首个获得一级博士学科的高校。2002年,河南农业大学在教育部本科教学评估中获得优秀,成为河南省首个被评为优秀的本科院校。
2003年,河南农业大学批准设立2个博士后科研流动站,成为具有本科-硕士-博士-博士后授予权的多层次大学。2006年,学校启用“明德 自强 求是 力行”新校训。2007年8月,河南农业大学“作物学”学科被评为一级国家重点学科,成为河南省首个一级国家重点学科,也是全国省属院校中唯一一个农学类的一级国家级重点学科。
2008年6月,河南农业大学再次在教育部本科教学评估中获得优秀,成为河南省唯一一个连续两次获得优秀的本科院校。2008年12月,河南省委书记徐光春到校指导工作,为该校提出“建设成为全国一流农业大学”的发展目标。
2009年3月,河南省大力支持河南农业大学发展,争取进入省部共建高校行列及国家211工程高校行列。同年9月,第七批博士后流动站审批结果公布,新增“林学、畜牧学、农林经济管理”三个博士后科研流动站,至此河南农业大学共有6个博士后科研流动站。
2009年9月29日,河南省委书记和省长共同出席河南农业大学郑东新区龙子湖新校区奠基仪式,标志着河南农业大学新校区建设项目的启动,为学校发展揭开新的篇章。同年11月10日,省政府与农业部合作共建河南农业大学协议签字仪式在郑州举行,标志着河南农业大学正式进入省部共建行列,成为全国第一个省部共建省属农业大学试点。
2010年9月,省部共建国家粮食作物生理生化与遗传改良重点实验室培育基地获准建立。2011年1月14日,在北京举行的国家科学技术奖励大会上,河南农业大学作为第一完成单位的两个项目,均获得国家科技进步二等奖,全省排名第一,全国排名第十六位。至此,河南农大已连续3年获得国家科技大奖。
2011年12月,河南省委书记卢展工视察河南农业大学,强调河南农业大学的重要性,指出其地位举足轻重,不可替代。2012年4月,河南农业大学成立吴绍骙玉米研究院。2012年7月6日,河南农业大学举办高等农业教育100周年庆祝大会。
2012年8月,河南农业大学等河南省属7所高校通过国家发改委等部门的“验收”进入“小211工程”(中西部高校基础能力建设工程)入围数量位列全国首位,这是河南农业大学在与农业部、烟草专卖局“省部共建”之后,在国家级支持方面的重大突破。
2012年11月5日上午,河南省人民政府与国家林业局合作共建河南农业大学签字仪式在北京隆重举行,这是继农业部、国家烟草专卖局之后第三次得到国家共建支持。
2013年4月11日,教育部公示“2011计划”首批入选高校名单,河南农业大学作为牵头高校参与的河南粮食作物协同创新中心,成为首批14个协同创新中心、2011计划高校。
主要院系包括农学院、林学院、机电工程学院、牧医工程学院、经济与管理学院。
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