长江大学的前身之一，江汉石油学院，起源于1950年创建的北京石油工业专科学校，是我国新中国成立后成立的第一所石油类学校。学校最初位于北京定福庄（现北京广播学院校址），并于1954年更名为北京石油地质学校。随着国家石油工业的发展，学校也同步成长，1965年为大庆石油会战迁移至大庆，并更名为大庆石油地质学校。1972年，为参与江汉油田会战，学校再次迁移至荆州，改称江汉石油地质学校。1978年，经国务院批准，学校正式更名为江汉石油学院。此后，学院隶属于多个部门和集团，并于2000年起实行中央与地方共建，划归湖北省管理。
湖北农学院的前身，华中农学院荆州分院，成立于1977年，1985年更名为湖北农学院，并于1989年经国家教委批准成为普通本科院校。
荆州师范学院的前身可以追溯到1936年成立的湖北省第四简易师范学校，经历了多次改制和更名，最终在1999年3月经国家教育部批准，在荆州师范高等专科学校的基础上建立了荆州师范学院，并获得了本科学位授予权。
湖北省卫生职工医学院的前身是1951年成立的湖北省沙市卫生学校，后升格为江汉医学院（本科），1977年更名为武汉医学院（现华中科技大学同济医学院）荆州分院，1984年更名为湖北省卫生职工医学院。
2003年4月，江汉石油学院、湖北农学院、荆州师范学院、湖北省卫生职工医学院合并，正式成立了长江大学。
2003年底，学校完成了院系调整，全校共设有24个教学院（系）。包括经济学院、政法学院、体育学院、文学院、外国语学院、艺术学院、信息与数学学院、物理科学与技术学院、化学与环境工程学院、生命科学学院、石油工程学院、地球物理与石油资源学院、地球科学学院、机械工程学院、电子信息学院、计算机科学学院、城市建设学院、农学院、园艺园林学院、动物科学学院、医学院、管理学院、教育科学系、地球化学系等。
2008年，长江大学武汉校区开始建设，经过3年的规划设计和施工建设，于2011年全部建成，并于2012年初投入使用。
2010年10月3日，长江大学庆祝组建8周年及石油教育60年、农学教育33年、师范教育74年、医学教育59周年。同时，湖北省人民政府与中石油、中石化、中海油三大石油公司签署协议，共建长江大学。
2013年10月，在长江大学组建10周年之际，原中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清题词：“德智体美”，希望学校坚持社会主义办学方向，培养德智体美全面发展的社会主义建设者和接班人。
长江大学设有94个本科专业，其中包括“资源勘查工程”、“勘查技术与工程”、“石油工程”、“农学”、“机械设计制造及其自动化”、“化学工程与工艺”6个国家特色专业，以及“电子信息工程”、“土木工程”等11个湖北省品牌专业。另外，“农学”、“机械设计制造及其自动化”、“电子信息工程”、“生物技术”、“化学工程与工艺”5个专业被选为湖北省战略性新兴（支柱）产业人才培养项目。
长江大学各学院专业设置如下：
- 机械工程学院：机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、过程装备与控制工程、工业设计。
- 地球物理与石油资源学院：测井信息工程系、地球物理勘探系、固体地球物理系。
- 地球环境与水资源学院：地球化学、水文与水资源工程。
- 石油工程学院：油气井工程系、油气田开发工程系、油气田化学工程系、海洋油气工程系和油气储运工程系。
- 地球科学学院：资源勘查工程、地质学、地理信息科学（原地理信息系统）。
- 计算机科学学院：计算机科学与技术系、网络工程系、教育技术系、软件工程系、录井技术与工程系。
- 物理与光电工程学院：物理学系、应用物理学系。
- 城市建设学院：土木工程、建筑学、城市规划、给水排水、工程管理。
- 生命科学学院：生物技术、生物工程和食品科学与工程（本科），食品安全与检测（本科）。
- 化学与环境工程学院：化学、应用化学、高分子材料与工程、环境工程和化学工程与工艺（精细化工方向）和化学工程与工艺（石油炼制方向）。
- 管理学院：会计学、财务管理（2013年开设）、市场营销、物流管理、人力资源管理、信息管理与信息系统、工商管理、公共管理。
- 经济学院：农林经济管理，国际经济与贸易，经济学，金融学和农村区域发展。
- 医学院：临床医学、护理学、医学影像技术、中西医临床医学（本科），护理、中医骨伤（专科）。
- 文学院：汉语言文学系、广播电视新闻学系、历史学系。
- 外国语学院：英语系、日语系。
- 政法学院：思想政治教育、法学、社会工作。
- 电子信息学院：电子信息工程、测控技术与仪器、自动化、电气工程及其自动化和通信工程。
- 农学院：农学系、植物保护系、农业资源与环境系。
- 艺术学院：音乐系、舞蹈系、美术系。
- 马克思主义学院：思想政治理论课部、思想政治教育系。
- 体育学院：体育教育系、社会体育系。
- 园艺园林学院：园艺系、园林系。
- 动物科学学院：动物医学系、动物科学系、水产养殖系。
- 信息与数学学院：数学与应用数学、信息与计算科学。
- 临床医学院：内科学、外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、皮肤科学、肿瘤科学等8个教研室。
- 国际学院：计算机应用技术、国际贸易实务、会计电算化、建筑工程技术、应用电子技术。
- 教育学院：应用心理学、教育学（师范类）、学前教育。
- 一年级教学工作部：主要负责一年级本科学生的日常教育教学和管理工作。
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