1933年，作为昆明医科大学的前身，东陆大学医学专修科正式成立。
1956年，昆明医科大学正式建院。
1977年，高考制度恢复，学校重新开始招生。
1981年，昆明医科大学成为全国首批硕士学位授予单位。
1993年，学校被正式列为省属重点院校。
1996年，学校获得资格，允许在职人员以同等学力申请硕士学位。
1998年，昆明医科大学获得博士学位授予单位的资格。
2000年和2003年，昆明医科大学分别成为临床医学、口腔医学硕士专业学位授权试点单位。
2005年，昆明医科大学药学院开始招收药学专业硕士生。
2006年，学校被批准开展推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生的工作。
2007年，在教育部本科教学工作水平评估中，昆明医科大学获得优秀评级。
2009年，昆明医科大学获得公共卫生专业硕士学位授予权。
2010年，学校新增第二个博士后科研流动站。
2011年，昆明医科大学获得临床医学一级学科博士学位授予权，并拥有医学副教授职称评审权和留学生招生权。
2012年，经教育部批准，学校更名为昆明医科大学。
2013年10月，昆明医科大学举办了一系列庆祝建校80周年的活动。
以下是学校的部分学院和专业设置：
- 基础医学院：卫生检验、营养学
- 公共卫生学院：预防医学、公共事业管理
- 口腔医学院：麻醉学、口腔医学
- 法医学院：预防医学专业
- 药学院：药学专业、药物制剂
- 护理学院：临床药学、护理学专业、康复治疗学
- 继续教育学院：市场营销
- 高等职业教育学院：法学专业（医事法学方向）
- 海源学院：劳动与社会保障专业（医疗保险方向）
- 临床肿瘤学院：临床医学、临床医学专业(肿瘤方向)
- 国际教育学院：公共事业管理专业（卫生事业管理方向）
- 第一临床医学院：医学影像学、医学检验专业
- 第二临床医学院：卫生检验、公共卫生与营养学
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