自1973年起，安徽省委和省革命委员会决策撤销“安徽医学院总校”，恢复蚌埠医学院，并启动皖南医学院的筹备工作。1975年，该校新设卫生系，并开设卫生专业课程。同年，部队归还了第二附属医院。1976年，安徽省委和省革命委员会决定恢复安徽中医学院，将中医、药学两个系及第二附属医院划归中医学院管理，安徽医学院仅保留医疗、卫生两系和一所附属医院。到了1978年，安徽医学院被定位为省属重点大学。
1985年12月，为了适应安徽省医学教育发展的需求，安徽医学院正式更名为安徽医科大学。1996年6月，经过国家教委批准，学校名称再次确认为安徽医科大学。
截至2014年4月，该校已设立基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院（安徽省口腔医院）、卫生管理学院、生命科学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、临床医学院、第一临床学院（第一附属医院）、第二临床学院（第二附属医院）、巢湖临床学院（附属巢湖医院）、第四临床学院（第四附属医院）、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等多个直属教学机构。
该校目前拥有5所直属附属医院（包括第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院—安徽省口腔医院），以及6所非直属附属医院（包括附属省立医院、第三附属医院—合肥市第一人民医院、附属合肥医院—合肥市第二人民医院、附属安庆医院—安庆市立医院、附属六安医院—六安市人民医院、附属宿州医院—宿州市立医院），并与合肥市共同建设了附属阜阳医院。
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