蚌埠医学院自1958年7月创立，是在上海第二医学院及安徽医学院的支持下共建起来的高等学府。
1968年8月，经安徽省革委会审批，学校更名为蚌埠反修医学院。
到了1970年11月，安徽省革委会决定将省内四所高等医学院校合并，蚌埠反修医学院随之更名为安徽医学院蚌埠分院。
1974年6月，国务院科教组发文，宣布恢复蚌埠医学院的名称。
自1979年起，学校开始招收硕士研究生，成为我国首批硕士学位授予单位之一。2003年，该校获得了临床医学硕士专业学位授予权，并于2004年启动临床医学专业硕士学位研究生的培养工作。
截至2013年7月，蚌埠医学院已设有2个国家级临床重点专科和扶持专科，9个省级重点学科及特色专科。此外，学校还拥有基础医学、临床医学和护理学3个一级学科硕士学位授权点，以及29个二级学科授权点。
该校的国家级临床重点专科包括：呼吸与危重症医学科、普外科。
省级重点学科涵盖：病原生物学、外科学（骨外）、骨科、血管外科、整形外科、肺科。
省级特色专科有：风湿性免疫疾病科等。
校级重点学科包括：微生物学、病理学、药理学、外科学（骨外）、内科学（呼吸）、生理学、医学寄生虫学、人体解剖学、免疫学、生物化学与分子生物学、药剂学、基础护理学、营养与食品卫生学、放射诊断学、医学伦理学、肝胆外科学、胸心外科学、胃肠外科学、心血管病学、内分泌学、康复医学、整形外科学、外科学（泌尿外科）。
校级重点扶持学科包括：血液内科学、肾内科学、传染病学、普通外科学、外科学（骨外）、康复医学。
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