佳木斯医学院起源于1947年创建的合江军区卫生干部学校，并于1958年晋升为本科院校，1980年起开始招收硕士研究生。
佳木斯师范专科学校的前身是1949年成立的佳木斯师范学校，1978年升级为专科学校。
成立于1958年的佳木斯工学院，是黑龙江省首个以农业机械专业为核心的工科本科院校。
1985年成立的佳木斯大学，最初为市属的地方职业大学。
1995年6月27日，经原国家教委批准，佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校以及原佳木斯大学四校合并，正式组成了新的佳木斯大学。
1996年11月21日，佳木斯大学举行了隆重的挂牌启动仪式。
2000年5月，佳木斯市粮食干校并入佳木斯大学。
2003年5月，富锦师范学校加入了佳木斯大学的大家庭。
同年12月，黑龙江省理工学校也并入佳木斯大学。
根据学校官网2014年9月的信息，佳木斯大学设有26个二级学院（包括理学院、药学院、生命科学学院、外国语学院、信息电子技术学院、材料科学与工程学院、机械工程学院、经济管理学院、人文学院、体育学院、美术学院、音乐学院、商学院、建筑工程学院、医学院、基础医学院、留学生教育学院、旅游管理学院、公共卫生学院、检验医学院、护理学院、教育科学学院、警官职业学院、临床医学院（第一附属医院）、口腔医学院（第二附属医院）、康复医学院（第三附属医院）），以及1个国际教育学院和继续教育学院，共开设75个本专科专业。
以下是部分学院及其特色专业：
材料科学与工程学院：焊接技术与工程。
信息电子技术学院：仪器类。
经济与管理学院：工商管理类。
生命科学学院：生物科学类。
人文学院：中国语言文学类。
教育科学学院：教育学类。
基础医学院：医学技术类。
公共卫生学院：预防医学。
音乐学院：音乐学（S）。
旅游管理学院：旅游管理。
国际教育学院（留学生教育学院）：工商管理。
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