南京林业大学的历史沿革可追溯至1915年的金陵大学林科，此后历经多个发展阶段，包括1930年的金陵大学农学院森林系、1902年的三江师范学堂、1927年的国立第四中山大学农学院森林组，以及中央大学农学院森林科（1928年）和森林系（1930年）。1949年，学校更名为南京大学农学院森林系，1952年，金陵大学农学院森林系与南京大学农学院森林系合并，共同组建了南京林学院。1955年，华中农学院森林系（由武汉大学农学院森林系、南昌大学农学院森林系和湖北农学院森林系合并组建）并入南京林学院。
1972年，学校更名为南京林产工业学院，1983年恢复为南京林学院，并于1985年正式更名为南京林业大学。
以下是南京林业大学开设的专业一览表（2014年更新）：
1. 070405 地理信息科学（理学）- 林学院。
2. 071002 生物技术（理学）- 林学院。
3. 071001 生物科学（理学）- 生物与环境学院。
4. 071004 生态学（理学）- 生物与环境学院。
5. 082503 环境科学（理学）- 生物与环境学院。
6. 082701 食品科学与工程（工学）- 轻工科学与工程学院。
7. 090503 森林保护（农学）- 林学院。
8. 090102 园艺（农学）- 林学院。
9. 090501 林学（含树木与观赏植物保护、水土保持与生态工程、植物资源利用方向）（农学）- 林学院。
10. 080501 能源与动力工程（工学）- 材料科学与工程学院。
11. 081001 环境工程（木材工业环境工程方向）（工学）- 材料科学与工程学院。
12. 081702 包装工程（工学）- 材料科学与工程学院。
13. 082402 木材科学与工程（含材料工程、工业装备与过程自动化、木结构建筑工程、胶粘剂与涂料工程方向）（工学）- 材料科学与工程学院。
14. 材料科学与工程（工学）- 材料科学与工程学院。
15. 081301 化学工程与工艺（含化工过程与控制、精细化工、生物资源化学与工程方向）（工学）- 化学工程学院。
16. 082403 林产化工（工学）- 化学工程学院。
17. 083002T 生物制药（工学）- 化学工程学院。
18. 083001 生物工程（工学）- 化学工程学院。
19. 080202 机械设计制造及其自动化（含机械设计、机械制造、机械电子方向）（工学）- 机械电子工程学院。
20. 080206 过程装备与控制工程（工学）- 机械电子工程学院。
21. 080207 车辆工程（工学）- 机械电子工程学院。
22. 080204 机械电子工程（工学）- 机械电子工程学院。
23. 080301 测控技术与仪器（工学）- 机械电子工程学院。
24. 080801 自动化（工学）- 机械电子工程学院。
25. 081001 土木工程（含交通土建工程、建筑工程方向）（工学）- 土木工程学院。
26. 081003 给排水科学与工程（工学）- 土木工程学院。
27. 081201 测绘工程（工学）- 土木工程学院。
28. 082401 森林工程（工学）- 土木工程学院。
29. 120103 工程管理（管理学）- 土木工程学院。
30. 120102 信息管理与信息系统（管理学）- 经济管理学院。
31. 120201K 工商管理（管理学）- 经济管理学院。
32. 120202 市场营销（管理学）- 经济管理学院。
33. 120203K 会计学（管理学）- 经济管理学院。
34. 120801 电子商务（管理学）- 经济管理学院。
35. 120301 农林经济管理（管理学）- 经济管理学院。
36. 020302 金融工程（经济学）- 经济管理学院。
37. 020402 国际经济与贸易（经济学）- 经济管理学院。
38. 030101K 法学（法学）- 经济管理学院。
39. 030302 社会工作（法学）- 人社会科学学院。
40. 050101 汉语言文学（高级文秘方向）（文学）- 人社会科学学院。
41. 050103 汉语国际教育（文学）- 人社会科学学院。
42. 050302 广播电视学（文学）- 人社会科学学院。
43. 050303 广告学（文学）- 人社会科学学院。
44. 120901K 旅游管理（管理学）- 人社会科学学院。
45. 130309 播音与主持艺术（艺术学）- 人社会科学学院。
46. 080601 电气工程及其自动化（工学）- 信息科学技术学院。
47. 080701 电子信息工程（工学）- 信息科学技术学院。
48. 070102 信息与计算科学（理学）- 信息科学技术学院。
49. 080901 计算机科学与技术（含网络系统、软件服务外包方向）（工学）- 信息科学技术学院。
50. 080902 软件工程（工学）- 信息科学技术学院。
51. 082802 城市规划（含地理信息系统、城市设计方向）（工学）- 风景园林学院。
52. 082803 风景园林（工学）- 风景园林学院。
53. 090502 园林（农学）- 风景园林学院。
54. 080407 高分子材料与工程（理学）- 理学院。
55. 080403 材料化学（理学）- 理学院。
56. 050201 英语（文学）- 外国语学院。
57. 050207 日语（文学）- 外国语学院。
58. 130310 动画（数码影视方向）（艺术学）- 艺术设计学院。
59. 130502 视觉传达设计（艺术学）- 艺术设计学院。
60. 130503 环境设计（艺术学）- 艺术设计学院。
61. 130404 摄影（艺术学）- 艺术设计学院。
62. 130506 公共艺术（艺术学）- 艺术设计学院。
63. 050408 艺术设计（含室内设计、城市景观艺术设计、广告艺术设计方向）（艺术学）- 艺术设计学院。
64. 080205 工业设计（家具设计方向）（工学）- 家具与工业设计学院。
65. 130504 产品设计（艺术学）- 家具与工业设计学院。
66. 081701 轻化工程（含制浆造纸工艺、制浆造纸装备与控制方向）（工学）- 轻工科学与工程学院。
67. 081703 印刷工程（工学）- 轻工科学与工程学院。
68. 081801 交通运输（含汽车运用工程、物流技术方向）（工学）- 汽车与交通工程学院。
69. 081802 交通工程（工学）- 汽车与交通工程学院。
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