南京医科大学的历史可追溯至1934年创立的江苏省立医政学院；
1938年，因抗日战争的需要，学院迁至湖南沅陵，并与南通学院医科合并，更名为国立江苏医学院，胡定安担任院长。
1939年，南京医科大学迁址至重庆北碚。
1946年，学校迁回镇江。
1957年，学校从镇江迁至南京，正式更名为南京医学院；
1962年，南京医学院被列为全国首批实施六年制医药教育的院校之一；
1970年，南京医学院与其他院校合并，组建江苏新医学院；
1972年，扬州卫生学校并入（独立办学）江苏新医学院，并改建为江苏新医学院（扬州分院）；
1976年，江苏省镇江地区卫生学校并入（独立办学）江苏新医学院，并改建为江苏新医学院（镇江分院）；
1978年，江苏新医学院撤销，原南京中医学院部分改建为（恢复）南京中医学院，现已成为南京中医；
同一年，原南京医学院部分改建为（恢复）南京医学院，现发展为南京医科大学；
江苏新医学院（扬州分院）更名为南京医学院（扬州分院），后发展成为扬州大学医学院（扬州医学专科学校）；
江苏新医学院（镇江分院）更名为南京医学院（镇江分院），后发展成为江苏大学医学院（镇江医学专科学校，镇江中医专科学校）；
1981年，南京市第四人民医院并入南京医学院；
1993年，南京医学院更名为南京医科大学；
2005年，南京市雨花医院并入南京医科大学。
根据2014年6月学校官网显示，南京医科大学设有12个学院和1个民办学院——康达学院，开设19个本科专业、2个六年制双学位专业和5个七年制专业（方向）。
学院包括：基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院、护理学院、医政学院、国际教育学院、外国语学院、继续教育学院、康达学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、鼓楼临床医学院、青岛临床医学院、上海十院临床医学院、连云港临床医学院。
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