中国人民解放军空军工程学院的历史追溯至1960年，当时开始筹办中国人民解放军空军工程学院（筹）。
到了1961年，原空军工程学院（筹）、步兵190师师部机关及步兵568团合并，正式成立了中国人民解放军空军工程学院。
1969年，学院进行了改建，更名为中国人民解放军空军第一专科学校。
1975年，学院再次升格，恢复中国人民解放军空军工程学院的名称。
在此之前，1958年，空军技术学校与空军第八航空预备学校合并，成立了中国人民解放军空军导弹学校。
1955年，华北军区第4文化师范学校与防空军高射炮兵学校（第3营修理系）合并，建立了中国人民解放军防空军技术学校。
1957年，该校更名为中国人民解放军空军技术学校。
1958年，防空军技术学校（高炮技术干部培训）分离，并入空军高炮学校。
1953年，中国人民解放军空军第八航空预科总队成立。
1954年，该总队改建为中国人民解放军空军第八航空预备学校。
1958年，学校更名为中国人民解放军空军第15航空学校。
1959年，部分机构分出，参与组建了海军特种技术学校，后发展成为海军航空工程学院。
同年，另一部分机构分出，并入西安炮兵学校，后发展成为第二炮兵工程学院。
1959年，学院升格为中国人民解放军空军高级专科学校。
1963年，更名为中国人民解放军空军第四高级专科学校。
1965年，学院再次升格，成为中国人民解放军空军技术学院。
1969年，学院改建为中国人民解放军空军第二专科学校。
1975年，改建为中国人民解放军空军第二高射炮兵学校。
1978年，学校升格为中国人民解放军空军第二高射炮兵学院。
1983年，更名为中国人民解放军空军地空导弹学院。
1986年，学院更名为中国人民解放军空军导弹学院。
1950年，中国人民解放军西北航空处西安通信总队成立。
1951年，该总队更名为中国人民解放军第三航空预科总队。
1954年，更名为中国人民解放军第三航空预备学校。
1957年，学校更名为中国人民解放军空军通信学校。
1958年，第三预备航空学校（部分）分出，参与组建了解放军第十六航空学校。
1969年，空军通信学校被撤销。
空军通信学校（无线电部分）分出，参与组建了空军第四专科学校，后发展成为空军雷达学院。
1974年，中国人民解放军空军通信学校复建。
1986年，学校升格为中国人民解放军空军电讯工程学院。
1992年，空军电讯工程学院并入西安通信学院。
1993年，西安通信学院（原空军电讯工程学院部分）再次分出，恢复中国人民解放军空军电讯工程学院的名称。
1999年7月，空军工程学院、空军导弹学院、空军电讯工程学院合并，组建了中国人民解放军空军工程大学。
以下是学院的本科教育专业设置：
1. 生长本科学历教育（合训） 防空兵指挥（兵器科学与技术） 工学 导院 4+1。
2. 防空兵指挥（电气工程） 工学 导院 4+1。
3. 防空兵指挥（电子科学与技术） 工学 导院 4+1。
4. 防空兵指挥（控制科学与工程） 工学 导院 4+1。
5. 通信兵指挥（信息与通信工程） 工学 信院 4+1。
6. 通信兵指挥（指挥信息系统工程） 工学 信院 4+1。
7. 空降兵指挥（指挥信息系统工程） 工学 信院 4+1。
8. 空降兵指挥（信息与通信工程） 工学 信院 4+1。
9. 空降兵指挥（政治学） 法学/哲学 理院 4+1。
10. 空降兵指挥（哲学） 哲学 理院 4+1。
11. 生长本科学历教育（直通车） 飞行器动力工程 工学 工院 4。
12. 机械工程及其自动化（航空） 工学 工院 4。
13. 兵器工程 工学 工院 4。
14. 弹药工程 工学 工院 4。
15. 火力指挥与控制工程 工学 工院 4。
16. 电气工程及其自动化 工学 工院 4。
17. 无人机工程 工学 工院 4。
18. 雷达工程（航空） 工学 工院 4。
19. 电子工程（航空通信与导航） 工学 工院 4。
20. 土木工程（机场工程） 工学 工院 4。
21. 测控工程 工学 导院 4。
22. 导弹工程 工学 导院 4。
23. 电力工程及其自动化 工学 导院 4。
24. 机械工程及其自动化（防空） 工学 导院 4。
25. 雷达工程（防空） 工学 导院 4。
26. 武器系统与发射工程 工学 导院 4。
27. 导航工程 工学 信院 4。
28. 电子对抗指挥与工程 军事学/工学 信院 4。
29. 通信工程 工学 信院 4。
30. 指挥信息系统工程 工学 信院 4。
31. 地面领航与航空管制（航空管制） 军事学 航院 4。
32. 地面领航与航空管制（地面领航） 军事学 航院 4。
33. 管理工程 管理学 管院 4。
34. 安全工程 工学 管院 4。
35. 外国语文学 文学 理院 4。
36. 信息安全 工学 机要系 4。
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