2003年6月，东南大学成贤学院在获得国家教育部及江苏省教育厅的批准后正式成立；
同年8月，东南大学成贤学院第一届董事会宣告成立。东南大学校长顾冠群担任董事长兼法定代表人，东南大学党委副书记、副校长左惟担任副董事长及学院院长；
9月18日，东南大学成贤学院举行了2003级新生开学典礼，同时举行了学院揭牌仪式；
2005年6月，东南大学成贤学院首次开展“专转本”招生工作；
6月6日，东南大学工会同意成立东南大学工会成贤学院委员会，崔长征同志被任命为工会主席；
8月13日，东南大学成贤学院在安徽省马鞍山市举办了“应用性人才培养研讨会”；
2006年8月，东南大学成贤学院从东南大学晓庄校区迁移至原东南大学浦口校区，即东南大学（1990.9－2006.8）本科人才培养基地，拥有了设施齐全、功能完备的独立校园；
2007年5月，经江苏省教育主管部门批准，东南大学成贤学院自2007年度起，17个专业被纳入江苏省本二批次招生，成为全国318所独立学院中招生专业及人数最多的学院；
2008年8月，东南大学成贤学院开始实施院、系二级管理体制。
2014年6月，作为江苏省两所民办独立学院之一，东南大学成贤学院的所有专业均进入江苏本二批次招生，但在全国其他大部分省份仍保持本三批次招生。
截至2014年，学院设有电子工程系、计算机工程系、土木工程系、电气工程系、机械工程系、经济管理系、建筑与艺术系、化工与制药工程系等8个系。
电子工程系包括自动化、电子科学与技术、电子信息工程等专业。
计算机工程系涵盖计算机科学与技术、软件工程等专业。
土木工程系包含土木工程、交通运输、工程管理等相关专业。
机械工程系包括机械设计制造及其自动化、机械工程等专业。
经济管理系设有物流管理、国际经济与贸易、会计学等专业。
建筑与艺术系包括建筑学、环境设计、动画等专业。
化工与制药工程系涵盖化学工程与工艺、药事管理等相关专业。
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