牡丹江师范学院的前身可追溯至1958年9月创立的东北农学院嫩江分院，然而在1964年该校暂停办学。在此基础上，1965年1月经国务院批准，北安师范专科学校应运而生。
1964年，北安师范专科学校迁移至原宁安县良种繁育场，并更名为黑龙江省宁安师范专科学校。1970年12月，经黑龙江省革命委员会批准，学校扩建为牡丹江师范学院，当时仅设有农教、数学和中文三个专业。
牡丹江师范学院在农村办学长达30年，1995年7月，学校迁入牡丹江市。2001年10月，该校顺利通过了教育部本科教学工作合格评估。到了2006年1月，学校获得了硕士学位授予权。2009年1月，教育部将学校评为“高等学校本科教学工作水平评估优秀单位”。
截至2014年6月，牡丹江师范学院设有文学院、马克思主义学院、理学院、工学院、教师教育学院、历史与文化学院、经济与管理学院、生命科学与技术学院、化学化工学院、西方语言学院、东方语言学院、应用英语学院、体育科学学院、美术与设计学院、音乐与舞蹈学院、对外商贸学院等16个二级学院，以及国际教育学院、研究生学院、继续教育学院。
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