1956年3月，杭州航空工业财经学校创立，归第二机械工业部管理。
1958年6月，该校更名为杭州航空工业学校，转属第一机械工业部。
1958年12月，学校下放并更名为浙江电机专科学校，由浙江省机械厅主管。
1961年4月，学校更名为浙江机械工业学校，仍属浙江省机械厅。
1962年11月，学校收归中央，划归第三机械工业部。
1963年3月，学校划归第四机械工业部管理。
1965年1月，学校更名为杭州无线电工业管理学校，隶属第四机械工业部。
1970年2月，学校改为工厂，更名为学军机器厂，属第四机械工业部。
1973年5月，经中央批准恢复办学，成立杭州无线电工业学校，隶属第四机械工业部。
1980年5月8日，国务院正式批准建立杭州电子工业学院，实行第四机械工业部与浙江省双重领导，以部为主的体制。随着中央政府机构的调整和名称更改，学校先后隶属于电子工业部、机械电子工业部、中电总公司和信息产业部等中央部委。
2000年5月，学校管理体制发生重大变革，实行“省部共建，以省为主”的管理体制，并被浙江省定位为教学研究型重点大学。
2004年5月，经国家教育部批准，杭州电子工业学院更名为杭州电子科技大学。
2009年，学校成为新增博士学位授予权立项建设单位。
机械工程学院：车辆工程、机械制造及其自动化、海洋工程与技术、工业设计。
电子信息学院：电子信息工程（国防重点专业）、电子科学与技术、电子信息科学与技术、集成电路设计与集成系统、光电信息科学与工程（光电工程方向）。
通信工程学院：通信工程、信息对抗技术、信息安全、信息工程。
自动化学院：电气工程及其自动化、智能电网信息工程、自动化。
计算机学院：计算机科学与技术、网络工程、物联网工程。
材料与环境工程学院：材料科学与工程、功能材料、环境科学、环境工程。
生命信息与仪器工程学院：电子信息技术及仪器、生物医学工程、医学信息工程、测控技术与仪器。
软件工程学院：软件工程（国家特色专业）。
理学院：信息与计算科学、数学与应用数学、应用物理学、应用统计学、光电信息科学与工程（光电信息技术方向）。
经济学院：经济学、统计学、国际经济与贸易、金融学、经济统计学。
管理学院：工商管理、信息管理与信息系统、电子商务、工业工程（中德“3+1”培养）、工业工程、人力资源管理、市场营销、物流管理、保密管理。
数字媒体和艺术设计学院：数字媒体技术、工业设计、产品设计、传播学、印刷工程（印刷数字化方向）、包装工程（物联网包装设计方向）、包装工程（包装产品设计方向）。
人文与法学院：法学、社会学、编辑出版学、汉语国际教育。
会计学院：会计学（国家特色专业）、财务管理、审计学。
外国语学院：英语、英语（复合型）。
卓越学院：理工实验班、经管实验班。
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