追溯至1960年，吉林财税高等专科学校最初以财政金融学校的身份起步，却在文化大革命期间（1969年）遭遇停办。
1978年得以恢复办学，并更名为吉林省财政学校。到了1984年，经吉林省人民政府批准，学校正式升级，成立了吉林财税专科学校。1993年，学校再次更名，成为吉林财税高等专科学校。
在此之前（2000年以前），学校由吉林省教育委员会统筹管理，吉林省财政厅具体负责。2000年以后，学校划归吉林省教育厅主管，成为一所普通高等财经类专科学校。
与此同时，吉林商业高等专科学校也在1960年成立，其前身为吉林省商业学校。1984年3月，经吉林省政府批准，该校改建为吉林商业专科学校。1993年7月，原国家教委批准其更名为吉林商业高等专科学校，由吉林省商业厅主管，后改为吉林省教育厅主管。
吉林粮食高等专科学校作为全国唯一一所粮食类高等专科学校，成立于1984年。经过多年发展，已形成理工交叉、文理渗透，集工程与管理于一体的综合性高等学校。
2007年3月，国家教育部批准原吉林财税高等专科学校、吉林商业高等专科学校和吉林粮食高等专科学校实体合并，组建成为省属公办本科院校——吉林工商学院。
以下是学院的本科及专科专业设置：
会计学院：会计学（本科）、会计（中外合作）（专科）。
金融学院：金融学（本科）、投资学（证券投资）（本科）、金融管理与实务（中外合作）（专科）。
财税学院：财政学（本科）。
工商管理学院：工商管理（本科）。
经贸学院：国际经济与贸易（本科）。
旅游学院：旅游管理（本科）。
信息工程学院：计算机科学与技术（本科）。
生物工程学院：粮食工程（本科）、机械设计制造及其自动化（本科）、过程装备与控制工程（本科）、动物科学（动物营养与饲料工程）（本科）。
食品工程学院：食品科学与工程（本科）、食品营养与检验教育（本科）。
传媒艺术学院：动画（本科）。
外国语学院：英语（经贸英语）（本科）。
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