1919年8月，山西医学传习所在国民师范的基础上创立，由山西省督军兼省长阎锡山先生创办。历经多次更名与迁址，学校不断发展壮大。
1932年1月，学校转型为私立山西川至医学专科学校。
1940年3月，学校更名为山西大学医学专修科。
1946年8月，学校晋升为国立山西大学医学院。新中国成立后，学校迎来了新的发展阶段。
1953年9月，学校独立设置为山西医学院。1955年全国高校院系调整，山西、江苏、山东、浙江四省医学院卫生系合并，成立了山西医学院卫生系，成为全国保留有卫生系的六所高等医学院校之一，并由著名卫生学专家、原江苏医学院院长邵象伊教授担任系主任。
1996年4月，学校正式更名为山西医科大学。
截至2013年底，山西医科大学设有临床医学（五年制、七年制）、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、医学检验技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向）、劳动与社会保障、英语（医学方向）等20个本科专业。值得一提的是，七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。
此外，学校还设有公共事业管理（卫生事业管理方向）和信息管理与信息系统（医药方向）等专业。
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