追溯至1907年，孔祥熙先生创办了私立铭贤学堂，这便是山西农业大学的前身。
到了1916年，铭贤学堂增设了大学预科课程。
1928年，学校开设了农科专业。
1931年，工科专业也应运而生。
不幸的是，1937年七七事变后，学校不得不南迁。
1939年，学校历经艰辛，最终抵达四川金堂县。
1940年，经过国民政府教育部的批准，学校立案成立铭贤农工专科。
1943年，铭贤农工专科转型升级为铭贤学院，并由专科升级为本科。
1947年，铭贤学院从金堂迁往成都。
1950年11月，学院迁回山西太谷原铭贤学堂的旧址。
1951年10月1日，山西省人民政府接管铭贤学院，由私立转为公办，并正式更名为山西农学院。
1971年，山西农业劳动大学并入山西农学院。
1975年，学校在昔阳、雁北、运城分别设立了三个分院，即大寨、雁北、运城农学院。
1979年7月27日，国务院批准大寨农学院并入山西农学院，同年山西农学院更名为山西农业大学，并被列为全国重点高等学校。
此后，山西省人民政府决定撤销雁北、运城农学院，将其并入山西农业大学。
2012年，山西省人民政府与农业部签署协议，共同建设山西农业大学。
以下是学院的学科设置：
- 农学院：农学、生物技术、生物信息学、植物保护、动植物检疫（植物检疫方向）、农艺教育、制药工程、种子科学与工程。
- 动物科技学院：动物科学、动物医学、草业科学、水产养殖、生物科学（动物方向）、草业科学（草坪与城乡绿化方向）、动物医学（小动物医学方向）、动植物检疫（动物检疫方向）、动物科学（特种经济动物方向）。
- 林学院：林学、水土保持与荒漠化防治、园林、旅游管理、生态学、森林保护。
- 园艺学院：园艺、设施农业科学与工程、环境设计。
- 资源环境学院：农业资源与环境、土地资源管理、环境科学、地理信息科学、信息管理与信息系统。
- 工学院：农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、农业建筑环境与能源工程、土木工程、电气工程及其自动化、交通运输（汽车运用工程方向）。
- 食品科学与工程学院：食品科学与工程、生物工程、葡萄与葡萄酒工程、食品质量与安全、生物工程（食用菌方向）。
- 经济管理学院：国际经济与贸易、农林经济管理、农村区域发展。
- 信息科学与工程学院：计算机科学与技术、电子信息科学与技术、网络工程。
- 生命科学学院：生物科学、生物技术、生物信息学。
- 公共管理学院：行政管理、法学、劳动与社会保障。
- 软件学院：软件工程。
- 体育教学部、中德学院、信息学院（独立学院）、继续教育学院、城乡建设学院、新农村发展研究院、研究生院、马克思主义学院。
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