自1952年起，山东省济宁医士学校正式创立；
到了1987年1月，该校经过原国家教委的批准，正式更名为济宁医学院；
1992年6月，国务院学位委员会审批通过，济宁医学院获得了学士学位授予权；
1997年，该校以优异的成绩顺利通过了教育部的本科教学合格评价。
在2008年，济宁医学院再次以“优秀”的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估；
2011年10月，学校正式获得批准，成为开展硕士专业学位研究生培养试点工作的单位。
截至2013年6月，济宁医学院设有临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、医学信息工程学院、药学院、管理学院、法医学与医学检验学院、口腔医学系、医学影像系、生物科学系、社会科学部、外国语教学部、继续教育学院等15个教学院系部。目前，学校开设有临床医学、临床医学（精神病与精神卫生方向）、中西医临床医学、康复治疗学、法医学、预防医学、食品质量与安全、护理学、医学检验、口腔医学、医学影像学、应用心理学、生物技术、生物工程、药学、中药学、药物制剂、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、生物医学工程、医学信息工程、软件外包、物联网工程、软件开发（与惠普共建）、软件测试（与惠普共建）、市场营销、公共事业管理、劳动与社会保障、英语等35个本科专业及专业方向。
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