滨州医学院的历史沿革可追溯至1946年，当时原国立山东大学医学院正式成立。1956年，医学院独立建制，更名为青岛医学院。1970年10月，青岛医学院整体搬迁至北镇，开启新的篇章。1974年11月，青岛医学院北镇分院设立。1981年9月，学院独立建制，更名为北镇医学院。1983年3月，随着驻地名称的变更，学院更名为滨州医学院。1985年，学院创新性地成立了残疾人医学系。
2001年7月，滨州医学院在山东省烟台市建立了新校区，为学院的发展注入新的活力。2002年9月，滨州医学院烟台校区正式投入使用。2003年6月，学院获得了硕士学位授予权，并于2004年迎来了人体解剖与组织胚胎学、内科学、口腔临床医学三个专业的首届硕士研究生。
在2006年的教育部本科教学工作水平评估中，滨州医学院取得了优异的成绩。截至2014年6月，滨州医学院共设有临床医学院、基础学院、特殊教育学院、口腔医学院、护理学院、人文与社会科学学院、药学院、中西医结合学院、卫生管理学院、外国语与国际交流学院、继续教育学院、葡萄酒学院、康复医学院、老年医学院等14个院（系）。
学院开设有临床医学、临床医学（全科医学）、口腔医学、护理学、中医学、中医学（针灸推拿方向）、医学影像学、麻醉学、预防医学、生物技术、药学、信息管理与信息系统、法学（医事法律方向）、英语（医学方向）、应用心理学（临床心理学方向）、统计学（卫生统计学方向）、公共事业管理学、劳动与社会保障、医学检验、眼视光学、康复治疗学、市场营销、特殊教育、听力与言语康复学、生物制药、葡萄与葡萄酒工程等26个本科专业（方向），以及临床医学、护理2个专科专业。
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