1946年2月，为了满足东北革命根据地医药卫生事业的发展需求，黑龙江军区卫生部创建了黑龙江军区军医学校。该校最初位于黑龙江省政府所在地的北安市，由黑龙江军区卫生部直接管理。1947年初，黑龙江军区卫生部将黑龙江军区军医学校更名为黑龙江军区卫生学校。到了1948年秋季，随着黑龙江军区卫生部的南迁，黑龙江军区卫生学校交由地方政府管理，并更名为黑龙江省卫生学校，归属于黑龙江省政府民政厅卫生处。
1948年10月，鉴于西满地区卫生防疫事业的迫切需求，嫩江省政府在齐齐哈尔市设立了嫩江省立卫生学校，隶属于嫩江省政府民政厅卫生处。
1949年5月，嫩江省与黑龙江省合并，黑龙江省卫生学校与嫩江省立卫生防疫学校合并，成立了黑龙江省立卫生干部学校，校址设在齐齐哈尔市光复街，隶属于黑龙江省政府民政厅卫生处。1951年1月，经过全国中等技术教育整顿会议后，黑龙江省立卫生干部学校改建为黑龙江省医士学校，由黑龙江省卫生厅和文教厅共同管理，并被列为东北人民政府所属中等卫生学校的示范单位。
1952年，黑龙江省立第一医院（现齐齐哈尔市第一医院）成为学校的教学医院。1953年1月，根据国家教育部关于校名地名称谓的规定，黑龙江省医士学校更名为齐齐哈尔医士学校。1959年，齐齐哈尔市第三医院（现第一附属医院）划归学校，成为附属医院。
1961年9月，学校校址从齐齐哈尔市光复街迁至富拉尔基区。
1978年12月，经国务院批准，齐齐哈尔医士学校由中等专业体制升格为高等专科体制，建立了齐齐哈尔医学专科学校。1982年，黑龙江省卫生厅决定将嫩江地区中心医院作为学校的第二附属医院（暂属嫩江公署）。1988年1月，随着嫩江地区与齐齐哈尔市的合并，嫩江地区中心医院正式成为学校的一部分。
1986年3月，国家教育委员会批复黑龙江省政府，同意将齐齐哈尔医学专科学校改建为齐齐哈尔医学院。1995年，国家教委决定对学院进行教学工作合格评价，1996年8月学院迁至原东北重型机械学院校址，1997年11月顺利通过了国家教委的合格评价。
自2000年起，经省政府批准，齐齐哈尔铁路中心医院和哈尔滨铁路局齐齐哈尔专科医院成为学院直接领导的第三、第四附属医院，大庆龙南医院、齐齐哈尔市第一医院则成为学院非直接领导的第五、第六附属医院。2008年4月，学院整体搬迁至建华区卜奎北大街333号。
截至2013年3月，学院设有基础医学院、精神卫生学院、公共卫生学院、医学技术学院、药学院、成人及继续教育学院、护理学院、第一临床学院、第二临床学院、第三临床学院、第四临床学院、社科部、体育部和外语部等十四个二级学院和部门。
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