早在1921年，江西公立医学专门学校创立，这便是南昌大学医学院的前身，首任校长为何焕奎。到了1940年，国立中正大学成立，而在1949年5月南昌解放后，国立中正大学更名为国立南昌大学，并入了江西工专、农专、水专、体育师范专科，由中南区教育部直接领导，经费也由中南教育部直拨。
1952年，教育部根据“培养工业建设和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合性大学”的方针，进行了大规模的院系调整。在江西，南昌大学农学院首先独立设置为江西农学院，并入南昌农专、江西兽专，院址迁至南昌县莲塘。同年，南昌大学工学院的采冶工程科、农业工程科、水利工程系科分别并入中南矿冶学院（现中南大学）、华中农学院（现华中农业大学）和武汉水利电力学院（现武汉大学）。
原国立中正大学校门设计灵感来源于现校门1952年底，中南教育部在武汉召开全区高等院校院系调整会议，南昌大学由党组书记、秘书长魏东明带队，工学院副院长王修寀、总务长戴鸣钟、副教务长谷霁光以及会计科科长欧阳侃一同参加。此次会议由中南教育部副部长徐懋庸主持，中南局宣传部部长赵毅敏作政治报告，主要讲述了过渡时期总路线。会议讨论了院系调整方案，提出了取消湖南、广西、南昌三大学校校名，在湖南、广西、江西三省独立设置师范院校的建议。
会议后，南昌大学进入了紧张的院系调整阶段，成立了中南区高等院校院系调整委员会南昌分会，吕良、刘乾才、魏东明等14人担任委员。根据调整方案，南昌大学工学院的机械工程系科、电机工程系并入新成立的华中工学院（现华中科技大学）；土木工程系科并入新成立的中南土木建筑学院（现湖南大学）；化学工程系科并入华南工学院（现华南理工大学）；理学院的物理系、化学系，文法学院的文史系、俄文系科并入武汉大学；数学系、生物系并入中山大学；经济系并入新成立的中南财经学院（现中南财经政法大学）；教育系和师范部教育科、生物科并入湖南师范学院（现湖南师范大学）；史地科地理组并入华南师范学院（现华南师范大学）。同时，以体育专修科和师范部体育科为基础成立中南体育学院，院址暂设南昌大学原址。1955年迁至武汉。
在院系调整期间，邵式平省长请示中央同意，将原拟成立的江西师专改为江西师范学院，并保留生物科。
1958年，江西工学院和江西大学成立，1962年江西师院生物系并入江西大学，1965年，江西大学和江西工学院均初具规模，江西大学设有7个系、12个专业和瑞金分校；江西工学院设有4个系、9个专业。1985年江西工学院更名为江西工业大学，江西大学与江西共青垦殖场联合创办了江西大学共青学院。1993年江西大学与江西工业大学合并组建成新的南昌大学，同年成为江西省第一个博士授予单位。1997年，南昌大学正式列入国家“211”工程重点建设大学。2002年12月29日，南昌大学前湖校区奠基。2004年，江西省人民政府、教育部签署协议，南昌大学实行省部共建。2005年，南昌大学与江西医学院正式合并组建新的南昌大学，学校步入一个崭新的发展阶段。
2008年5月16日，奥运圣火在南昌大学前湖校区传递，成为全球少数几次在大学校园内传递奥运圣火的盛事之一。
10月6日，南昌大学太阳能光伏学院成立，这是中国第一所在大学设立的光伏学院。2009年9月9日，全运会圣火在南昌大学进行传递，这是江西境内唯一的传递地点，继奥运圣火之后又一大盛事。2011年5月4日南昌大学迎来建校90周年庆典，部、省领导和南昌大学知名校友到场庆祝昌大九秩华诞。
以下为南昌大学部分学院及专业级别：
- 材料成型及控制工程 机电工程学院 国家级
- 通信工程 信息工程学院 国家级
- 医学影像学 医学院 国家级
- 汉语言文学 人文学院 国家级
- 生物科学 生命科学与食品工程学院 国家级
- 计算机科学与技术 信息工程学院 国家级
- 工商管理 经济与管理学院 国家级
- 食品科学与工程 生命科学与食品工程学院 国家级
- 自动化 信息工程学院 省级
- 麻醉学 医学院 省级
- 机械设计制造及自动化 机电工程学院 省级
- 土木工程 建筑工程学院 省级
- 材料科学与工程 材料科学与工程学院 省级
- 化学 理学院 省级
- 化学工程与工艺 环境与化学工程学院 省级
- 预防医学 公共卫生学院 省级
- 新闻学 人文学院 省级
- 数学与应用数学 理学院 省级
- 水产养殖学 生命科学与食品工程学院 省级
- 环境工程 环境与化学工程学院 省级
- 高分子材料与工程 材料科学与工程学院 省级
- 口腔医学 医学院 省级
- 热能与动力工程 机电工程学院 省级
- 行政管理 公共管理学院 省级
- 哲学 人文学院 省级
- 经济学 经济与管理学院 省级
- 法学 法学院 省级
- 建筑学（五年） 建筑工程学院 省级
- 英语 外国语学院 省级
- 旅游管理 经济与管理学院 省级
- 自动化 信息工程学院 省级
- 电子信息工程 信息工程学院 省级
- 临床医学 医学院 省级
- 护理学 医学院 省级
- 信息管理与信息系统 信息工程学院 省级
- 工业设计 艺术与设计学院 省级
- 行政管理 法学院 省级
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