1953年，由原东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并组建而成的大连海事大学，其历史渊源深厚。东北航海学院起源于1927年成立的东北商船学校；上海航务学院的前身是上海吴淞商船专科学校；福建航海专科学校则由陈嘉庚先生于1920年创办的集美学校实业部水产航海科发展而来。这三所学校是晚清至新中国建立40余年间，我国仅有的三所海运高等院校，也是当时中国唯一的航海高等学府。
1960年，大连海运学院被国家定位为全国重点大学。
1963年，周恩来总理亲自批示，对大连海运学院航海类专业学生实施半军事化管理。
1983年，联合国开发计划署（UNDP）和国际海事组织（IMO）共同在学校设立了亚太地区国际海事培训中心。
1985年，世界海事大学在大连海事大学设立分校。
1994年，经国家教委批准，学校更名为大连海事大学，江泽民同志亲自题写了校名。
1997年，学校被国家纳入“211工程”重点建设行列。
1998年，学校的质量管理体系成功通过了国家港务监督局和挪威船级社（DNV）的认证，成为我国第一所获得ISO9001质量管理体系认证证书和DNV三个认证规则证书的大学。
2000年12月，原交通部所属的大连海运学校并入大连海事大学。
2004年，学校顺利通过了教育部专家组对本科教学工作水平的评估检查，并获得优秀评级。
2006年，交通部、教育部、辽宁省、大连市达成共建协议，共同支持加快大连海事大学的建设与发展，提升学校的综合实力和办学水平。经过不懈努力，学校在办学规模、层次等方面已位于世界同类院校前列。
2009年，学校成功举办了“中国高等航海教育暨大连海事大学建校100周年”纪念活动，李长春、张德江、刘延东、陈至立等党和国家领导人向学校致信或题词祝贺，刘延东、陈至立等还亲自视察了学校。
截至2014年，大连海事大学设有9个二级院系，开设51个本科专业：
- 航海学院
- 信息科学技术学院
- 交通运输管理学院
- 交通运输装备与海洋工程学院
- 法学院
- 公共管理与人文学院
- 马克思主义学院
- 物理系
- 体育工作部
- 继续教育学院
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