沈阳农业大学的历史沿革可追溯至1910年，当时奉天省立第一农科高级中学成立；
到了1929年，奉天省立第一农科高级中学升级为东北大学（农学院）；
1939年，东北大学（农学院）进一步发展为奉天国立农业大学；
1946年，奉天农业大学更名为国立东北大学（农学院）；
1949年，国立东北大学（农学院）与国立长春大学（农学院）合并，升格为沈阳农学院；
1950年，沈阳农学院与哈尔滨农学院合并，共同组建东北农学院，后发展为东北农业大学；
1952年，沈阳农学院（留沈部分）与复旦大学农学院（茶叶专业除外）合并，重新组建沈阳农学院；同年，东北水利专修科并入沈阳农学院；
1973年，沈阳农学院更名为辽宁农学院；
1977年，铁岭农学院、朝阳农学院、旅大农学院、瓦房店农学院、锦州农学院等5所农学院的原沈阳农学院部分并入辽宁农学院；
1978年，辽宁农学院恢复为沈阳农学院；
1979年10月，沈阳农学院被国务院批准为全国重点高等院校，1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位；1985年10月，沈阳农学院更名为沈阳农业大学，邓小平同志亲自为学校题写了校名。2000年，学校由农业部所属划转为以辽宁省管理为主、辽宁省与中央共建的全国重点大学。
2000年，辽宁水利学校并入沈阳农业大学。
2012年6月，农业部与辽宁省人民政府签订协议，共建沈阳农业大学。
2012年，沈阳农业大学高等职业技术学院从沈阳农业大学剥离，成立辽宁水利职业学院。
2013年，沈阳农业大学科学技术学院从沈阳农业大学剥离，与沈阳理工大学应用技术学院合并，转设为沈阳工学院。
以下是沈阳农业大学部分学院的特色专业：
工程学院：农业工程、机械设计制造及其自动化、农业机械化及其自动化、建筑环境与能源应用工程、农业建筑环境与能源工程、交通运输；
经济管理学院：会计学、金融学、国际经济与贸易、旅游管理、市场营销、农林经济管理；
理学院：信息与计算科学、化学；
林学院：林学、园林、森林保护、风景园林；
农学院：大气科学、农学、生态学、应用气象学、农村区域发展、种子科学与工程；
生物科学技术学院：生物技术、生物科学、生物工程、蚕学；
食品学院：食品科学与工程、食品质量与安全、粮食工程、包装工程；
水利学院：土木工程、水利水电工程、农业水利工程、水土保持与荒漠化防治；
土地与环境学院：环境工程、环境科学、农业资源与环境、土地资源管理；
信息与电气工程学院：电气工程及其自动化、电子信息工程、计算机科学与技术、农业电气化；
畜牧兽医学院：动物科学、动物医学、动物药学、动植物检疫、水产养殖学；
园艺学院：园艺、中草药栽培与鉴定、设施农业科学与工程、草业科学；
植物保护学院：应用化学、植物保护、应用生物科学。
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