河海大学的历史可追溯至1915年，当时农商总长兼全国水利局总裁张謇主持创办了河海工程专门学校。黄炎培担任学校筹备主任，3月15日学校正式开学，许肇南成为第一任校长。李仪祉，这位被中国水利界誉为理论和实践上贡献最大的近代水利专家，担任教务主任。这所学校是中国首个专注于培养水利技术人才的高等学府，隶属于全国水利局并经教育部备案。到了1924年，河海工程专门学校与国立东南大学工科合并，成立了河海工科大学，仍隶属于全国水利局，并由茅以升担任首任校长。
河海大学历史沿革图展示，1927年6月，河海工科大学与国立东南大学等校合并，组成了国立第四中山大学（后于1928年改名为国立江苏大学、江苏大学、国立中央大学）。河海工科大学的学生、图书和器材全部并入工学院土木科（后于1928年改为土木系），部分教师继续任教，其中卢恩绪担任工学院院长，张谟实担任土木系主任。中央大学工学院土木系设有水利组，1937年6月成立水利系，但土木系水利组依然保留。1939年，中央大学成立工学研究所，土木工程部下设有水利工程组。
1941年，水利组划归水利系。1949年5月，该系成为南京大学工学院水利系。
1952年，全国院系调整，南京大学工学院水利系、交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组以及华东水利专科学校水利工程专修科合并，成立了华东水利学院。建院初期设有水文、水利土壤改良、水利发电和水工结构等系。1953年，厦门大学土木系水利技术建筑专业、山东农学院农田水利系、淮河水利学校水利工程专修科并入。1955年，华东水利学院的水利土壤改良专业与武汉水利学院的水道及港口水工专业进行了对调。1960年，河海大学被中共中央确定为全国重点高校。
河海大学江宁校区、图书馆、小浪底音乐台等标志性建筑见证了学校的发展。1985年，河海学校建校70周年之际，华东水利学院更名为河海大学，恢复了“河海”这一传统校名，邓小平亲自题写了校名。
1995年，河海大学迎来80周年校庆，江泽民为学校题词：“面向未来，开拓进取，进一步发展水利教育事业”。李鹏、李岚清、钱正英等党和国家领导人也为学校题词，对学校的发展给予了肯定和厚望。
2005年10月23日，学校庆祝90周年校庆，温家宝总理亲临河海大学并发表重要讲话，提出了“献身，求实，负责”的六字要求，对学校寄予了深切的期望。
2009年11月24日，教育部与江苏省人民政府共建河海大学的协议签字仪式在河海大学举行，河海大学成为江苏省第四所教育部、江苏省共建高校。
2014年5月22日，河海大学与北京大学、清华大学、中国人事科学院、中国社科院等13家单位共同荣获“人才理论研究基地”称号。
河海大学长期隶属于水利部，2000年划归教育部管理。2001年、2005年、2011年，教育部与水利部三次签订共建河海大学协议。
河海大学的主要院系包括水文院、水电院、港航院、土木院、环境院等。
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