安徽中医药大学自1959年创立以来，已走过六十余年的辉煌历程，其起源可追溯至1952年成立的安徽省中医进修班（学校）。
1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，并由郭沫若先生亲自题写校名。
1970年，安徽中医学院并入安徽医学院，开启了新的发展阶段。
1975年，经国家教育部批准，安徽中医学院得以恢复。
2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院，进一步丰富了学校的学科体系。
2005年，学校以良好成绩顺利通过了国家教育部本科教学工作水平评估。
2009年，学校以优异成绩成为全国第三家通过国家教育部中医学专业试点认证的高等学府。
2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院，标志着学校科研实力的进一步提升。
2013年，经中国教育部批准，安徽中医学院成功升格并更名为安徽中医药大学。
截至2013年，安徽中医药大学已拥有全日制在校生11043人（其中硕士生820人），设有13个二级学院（部）、2所直属附属医院、4所非直属附属医院，为我国中医药教育事业做出了重要贡献。
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