宿州学院的历史可追溯至1949年创立的皖北宿县区师范学校，其首任校长是裴干元。1950年，学校更名为皖北区宿县师范学校，随后在1952年再次更名为安徽省宿县师范学校。
到了1977年，宿县地区师范学校与刚设立安徽大学宿县地区师范专科班实行合署办公。
1979年，安徽大学宿县地区师范专科班更名为安徽师范大学宿州专科学校。
1983年，宿县地区师范学校更名为宿州师范专科学校，成为一所三年制的师范专科学校。
2002年，宿州市农业干部学校并入宿州师范专科学校。
2004年，宿州师范专科学校成功升格为普通本科院校，并更名为宿州学院。（值得一提的是，2004年5月17日，国家教育部正式批准宿州师范专科学校升格改建为本科层次的普通高校——宿州学院，这一举措终结了宿州市没有本科院校的历史。学校首批自主招生的5个专业包括汉语言文学、数学与应用数学、应用化学、计算机科学与技术、电子信息工程。）
2009年10月，宿州学院被安徽省教育厅、财政厅批准为安徽省示范应用型本科高校立项建设单位。
2013年8月，宿州学院顺利通过了省级示范应用型本科高校建设项目的验收。
2014年4月，宿州学院也顺利完成了教育部本科教学工作的合格评估。
截至2014年9月，宿州学院设有宿州学院资源与土木工程学院、宿州学院环境与测绘工程学院、宿州学院化学化工学院、宿州学院生物与食品工程学院、宿州学院机械与电子工程学院、宿州学院信息工程学院、宿州学院数学与统计学院、宿州学院经济管理学院、宿州学院管理工程学院、宿州学院外国语学院、宿州学院文学与传媒学院（孟二冬文学院）、宿州学院美术与设计学院、宿州学院音乐学院、宿州学院体育学院、思想政治理论教研部等15个教学院部，以及1个继续教育学院。目前，学校拥有本科专业50个，专科专业6个。
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