1959年5月19日，江西中医学院正式成立。同年9月5日，首届本科生迎来了开学典礼。1973年，江西药科学校并入江西中医学院，并于1978年，《全国中草药汇编》及“肿节风注射液、片剂”项目荣获全国科学大会奖状。1985年，江中制药厂在江西高校中率先公开选聘厂长。1986年，学院获得硕士学位授予权。1992年，荣获中宣部、中组部、国家教委联合授予的“党的建设和思想政治工作先进高等学校”称号。1996年12月，附属医院被省卫生厅评为“三级甲等中医医院”。
2001年和2009年，教学改革研究项目两度获得教育部国家教学成果二等奖。
2002年，江西省首个国家工程研究中心——“中药固体制剂制造技术国家工程研究中心”落成。同年，湾里新校区动工建设。2003年，学校整体搬迁至新校区，并建立了“现代中药制剂教育部重点实验室”，成为国家教育部在江西省首批建设的3个重点实验室之一。同年7月，江西中医学院香港教学中心成立。
2005年8月，“新型抗肿瘤药槐定碱注射液”荣获国家一类化学新药证书，标志着江西省一类化学新药的历史性突破。
2006年10月，启动“双惟实践班”培养模式。同年，“中药双相胶囊制剂技术及多功能胶囊填充机的研究与应用”获得国家“863”计划立项资助。2007年6月，教育部本科教学工作水平评估获得“优秀”成绩。
2007年，“新型抗肿瘤药槐定碱的研究”与“腧穴热敏化临床研究”同时荣获省科技进步一等奖。同年，针灸推拿学专业被批准为教育部高等学校特色专业。此外，“中药寒热性生物效应评价模式研究”获得国家“973”计划立项资助。
2008年，学校第六次获得“省社会治安综合治理目标管理先进单位”称号。同年，第十四次被中宣部、教育部、共青团中央联合授予“全国大中专学生暑期‘三下乡’社会实践活动先进单位”称号。2008年2月，杨明教授当选为首批江西高校“井冈学者”。同年6月，学校荣获“全国绿化模范单位”荣誉称号。
2008年，《中药炮制学》成为国家精品课程，实现了江西医药学科国家精品课程的零的突破。随后，《中医诊断学》也荣获国家精品课程称号。同年8月，“产学研结合培养高素质复合型中药人才模式创新研究与实践”项目被列入首批教育部人才培养模式创新实验区，成为江西省首批建设的3个实验区之一。2008年，中药学被批准为教育部高等学校特色专业。同年，“现代中药制剂技术平台集成与创新”团队、“艾灸技术”创新团队入选首批“省高等学校科技创新团队”。“灸疗的热敏规律及其科学机制研究”获得国家“973”计划立项资助，资助金额达400万。至此，“天津针、江西灸”的格局已经形成。2008年，“珍稀濒危常用中药资源五种保护模式的研究”荣获国家科技进步二等奖。同年，“热敏灸”获中国针灸学会科学技术进步二等奖（一等奖空缺，二等奖排名第一）。
2009年3月，学校成为博士学位一级学科授权立项建设单位，2011年6月以优异成绩通过中期检查；2012年12月，国务院学位办对学校新增博士学位授权立项建设单位进行验收。2009年，中药学专业顺利通过教育部专家组认证（试点）。2010年，学校的原始创新技术——热敏灸技术在上海世博会上亮相，并被联合国计划开发署列为重点推广项目。2010年，《中医诊断学》成为国家双语示范课程。2012年，“中蒙药丸剂国家地方联合工程研究中心”成立，使学校成为全国中医药院校中唯一一个拥有两个国家工程研究中心的高校。2012年6月，太湖文化论坛中医药文化发展（南昌）高级别会议举行。
2012年9月，学校被授予江西省首批“2011协同创新中心”。同年，“先进文化传承视角下高校德育新模式——江西中医学院双惟实践班”荣获2012年全国高校德育创新发展研究成果一等奖，成为江西省唯一获得该成果一等奖的高校。
2013年1月18日，学校以高票通过国家教育部专家组投票，批准更名为江西中医药大学。2013年3月19日，教育部发展规划司发布《关于2013年新设置高等学校和经过筹建“去筹”正式设立高等学校的公示》，对江西中医药大学进行更名公示。2013年4月18日，教育部发函同意江西中医学院更名为江西中医药大学。2013年8月8日，经国务院学位委员会第三十次会议审议批准，江西中医药大学被确定为博士学位授予单位；中医学、中药学两个学科为博士学位授权一级学科。
截至2013年，学校设有灸学院、临床医学院、药学院、基础医学院、计算机学院、人文学院、经济与管理学院、护理学院、思想政治理论教育教学部、体育教学部、研究生院、成人教育学院、国际教育学院、高等职业技术学院、科技学院等14个教学机构。
工学专业包括：计算机科学与技术、制药工程、生物医学工程、生物工程。
医学专业包括：中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、药学、药物制剂、中药学、中药资源与开发、中药制药、护理学、护理学类（中外合作办学）。
管理学专业包括：市场营销、公共事业管理。
生化与药品专业包括：药物制剂技术。
医药卫生专业包括：针灸推拿、护理、药学、中药、医疗美容技术。
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