南京邮电大学的历史可追溯至1942年成立于山东滨海抗日民主根据地东甘霖村的“战时邮务总局干部训练班”。1945年7月，该训练班扩建为“战邮”学校，后曾更名为山东大学邮电专科部及山东邮政专科学校。校址几经变迁，曾在鲁南、临沂、五莲等地办学。1942年至1947年间，该校的班主任及校长均由战邮总局局长赵志刚兼任。（赵志刚在建国后长期担任邮电部副部长，主管邮电教育工作。）1948年，学校在益都（青州）定名为华东邮电学校，归属华东邮电管理总局。1949年8月，学校从山东济南迁至南京市。在1942年至1949年建国前的八年间，学校为革命战争培养了大批邮电通信人才。
1950年12月，学校扩建为直属邮电部的南京邮电学校，开设中等专业和高等专科班。1951年11月至1953年4月，学校一度改隶华东邮电管理局，并更名为华东邮电学校。1954年，学校分立为邮电部南京电信学校和南京邮政学校，直至1958年7月。在这十年间，学校主要领导人包括盛同、耿国兴、曹丹辉（华东邮电管理局局长兼任校长）、刘砚田、李雪枫、沈毅力、于江、刘维毅等。
1958年8月，国家批准，邮电部发出干校字第60号通知，决定将南京电信学校改为高等学校，并定名为南京邮电学院。本科设置无线电通信与广播、电报电话通信和邮电组织与计划三个专业；专科专业与原专科班相同，最终规模定为4000人。南京邮政学校并入南京邮电学院。同年9月，无线电通信及电报电话通信两个专业的五年制本科生194名及电信专科生48名入学。1972年5月至1973年2月，学校曾更名为南京电信工程学院。建院以来，主要领导人有秦华礼、秦剑秋、郭祥云、王洪滨、谢玲、郑薇薇等。
南京邮电大学是邮电部（1999年3月后为信息产业部）部属重点院校；自2000年2月全国高校领导体制改革后，南京邮电大学实行中央与地方共建，以江苏省管理为主。
2005年4月，经江苏省人民政府研究，并报教育部批准，学校正式更名为南京邮电大学。
2011年，南京邮电大学入选第二批“卓越工程师教育培养计划”（简称“卓越计划”），并在同年召开的国际电信联盟（ITU）第18届全权代表大会上，成为全球首个获批准的国际电联学术成员。
2013年，南京邮电大学信息材料与纳米技术研究院作为主要协同单位参与“江苏先进生物与化学制造协同创新中心”，入选国家“高等学校创新能力提升计划（2011计划）”。
2013年7月23日，南京人口管理干部学院并入南京邮电大学。
南京邮电大学设有以下学院：通信与信息工程学院、传媒与艺术学院、电子科学与工程学院、管理学院、光电工程学院、经济学院、计算机学院/软件学院、马克思主义学院、自动化学院、人文与社会科学学院、材料科学与工程学院、外国语学院、物联网学院、教育科学与技术学院、理学院、贝尔学院、地理与生物信息学院、海外教育学院、体育部、继续教育学院/应用技术学院。
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