1958年，我国著名科学家、两院院士王大珩，秉承聂荣臻元帅的指示，创建了一所旨在为国防事业培养光学人才的高等学府——长春光学精密机械学院，并担任首任院长。1959年6月，长春光学精密机械学院、长春机械学院、长春化学学院合并，成立吉林科学技术学院。1960年5月，学校更名为吉林科学技术大学。同年11月，长春光机所与长春机械所合并，长春光学精密机械学院与长春机械学院实现真正意义上的合并，继续使用长春光学精密机械学院校名，而吉林科学技术大学名称不再使用。
1960年底，随着办学规模的扩大，长春光机所独立承担办学任务已显吃力。因此，从1961年起，学校暂停招生两年。1962年5月30日，吉林省委宣传部宣布长春光学精密机械学院停办。然而，在王大珩院士的努力下，学校成为长春市1958年创办的十余所院校中唯一保留下来的学校，并成为全国407所大专院校之一。1962年12月，学校召开第二次党代会，选举产生了新一届党委成员，并调整了学校规模、专业及教学计划。1963年9月，学校在光学仪器、精密机械制造工艺、应用光学、应用物理四个专业恢复招生，迎来115名新生。同年，首届373名毕业生顺利完成学业，踏上工作岗位。1965年2月，中国科学院同意学校与长春光机所分开，实现人员编制和经费独立核算，至此学校成为中国科学院直属单位。
1971年，学校划归第五机械工业部领导。1978年，学校首次招收硕士研究生。1979年，学术委员会正式成立。
1980年，学校与日本中央大学建立友好关系。1982年至1993年，因国务院部委调整，学校先后归属兵器工业部、机械工业委员会、机械电子工业部、兵器工业总公司管理。1994年，高功率半导体激光国防科技重点实验室批准立项。1996年，军用光学博士点申报成功。1999年，学校划转为以吉林省管理为主，并与国防科工委共建。
2000年，长春建筑材料工业学校并入学校。2002年4月，经中华人民共和国教育部批准，学校正式更名为长春理工大学，王大珩院士亲自题写了校名。2004年，学校被确定为吉林省重点大学。2007年，吉林省电信培训中心并入。2011年，学校成为教育部“卓越工程师教育培养计划”高校。2013年5月22日，长春理工大学成功入选国家教育部中西部高校基础能力建设工程（又称中西部100所，小211工程），标志着学校进入继985工程、211工程后的国家第三阶梯大学行列。
截至2013年9月，学校设有1个国家重点学科、3个国防特色学科、12个吉林省重点学科；6个博士后科研流动站，涵盖物理学、光学工程、机械工程、电子科学与技术、仪器科学与技术及信息与通信工程等领域；7个博士学位授权一级学科，包括机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、计算机科学与技术；17个硕士学位授权一级学科，包括机械工程、光学工程、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、生物医学工程、软件工程、管理科学与工程、法学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学。
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