早在1898年（光绪二十四年），湖广总督张之洞便上疏光绪皇帝，提出兴办湖北省农务学堂的奏议。同年10月，学堂正式迎来首批学子。
经过5年的发展，1903年湖北省农务学堂扩建为湖北省高等农务学堂。
辛亥革命爆发于1911年，标志着清政府办学时代的终结。1912年，湖北省农务学堂在革命后转型升级为湖北甲种农业学校。此后，学校历经多次变革，包括1923年的湖北第一、第二高级农业学校，1931年的省立乡村师范学校，1933年的湖北省立教育学院，1937年的湖北省立农业专科学校，1940年的湖北省立农学院，直至1950年更名为湖北省农学院。
1938年，面对侵华日军的威胁，学校坚定地迁至湖北恩施五峰山继续办学。直至1945年抗日战争胜利，学校才得以迁回武昌宝积庵。
1952年，华中农学院在武汉大学农学院、湖北省农学院的基础上，整合原中山大学、南昌大学、河南大学、广西大学、湖南农学院、江西农学院的部分系（科）而成立。同年招收本科生，次年招收首批研究生，科学研究与国际交流取得了新的突破。
1957年，华中农学院整体迁址至武昌南湖狮子山。20世纪60年代，学校首次招收外国留学生。1985年，学校正式更名为华中农业大学。
2005年，华中农业大学被纳入国家“211工程”重点建设大学行列，同年荣获中央文明委授予的“全国精神文明建设工作先进单位”称号。2006年，学校在教育部本科教学工作水平评估中荣获优秀评级。2011年，学校进入“985工程优势学科创新平台”。
截至2014年4月，华中农业大学设有17个学院，涵盖54个本科专业。其中：
文科学院包括：文法学院、经济管理学院、外国语学院、马克思主义学院、公共管理学院。
工科学院包括：工学院、食品科技学院。
农科学院包括：水产学院、动物科学技术学院、动物医学学院、园艺林学学院、植物科学与技术学院、资源与环境学院。
理科学院包括：理学院、生命科学与技术学院、信息学院。
此外，学校还设有独立学院——华中农业大学楚天学院。
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