广东海洋大学的悠久历史可追溯至1936年，当时广东汕头水产职业学校正式创立。同年，该校更名为广东省立高级水产职业学校。1939年，因日军侵占汕头，学校被迫停办。直至1945年，广东省立汕头高级水产职业学校得以复校，并更名为广东省立汕尾高级水产职业学校。
1950年，学校再次更名为广东省立高级水产技术学校。到了1952年，学校简化为广东省水产技术学校。1953年，广东省水产技术学校的轮机专业并入长江航务学校，后逐步发展成为武汉河运专科学校、武汉交通科技大学，以及现今的武汉理工大学等知名学府。同年，广东省水产技术学校、长江航务学校部分校区、广西钦州农业学校的水产科以及海口高级农业技术学校的水产科合并，共同组建了广东省水产学校。1956年，学校更名为广东水产学校。
1960年，广东水产学校晋升为广东水产专科学校。同年，暨南大学的水产系并入该校。1958年，华南工学院（湛江分院）成立。1962年，华南工学院的湛江分院并入广东水产专科学校。1963年，广东水产专科学校更名为湛江水产专科学校。
1966年，文化大革命爆发，学校被撤销。1979年，湛江水产专科学校复校并升级为湛江水产学院。1997年，湛江水产学院与湛江农业专科学校合并，并更名为湛江海洋大学。
1958年，湛江气象学校成立。1966年，该校撤销，部分并入成都气象学校。1979年，湛江气象学校复校。2001年12月，湛江气象学校并入湛江海洋大学。2002年，广东气象学校也并入湛江海洋大学。
2005年，湛江海洋大学更名为广东海洋大学。2010年6月，广东省与国家海洋局共建广东海洋大学。2013年8月，广东海洋大学正式获得博士学位授予单位的资格。
学校设有国家级实验教学示范中心：水产科学与技术实验教学中心。
国家级特色专业包括：水产养殖、海洋渔业科学与技术、动物科学、食品科学与工程、食品质量与安全。
广东省高校名牌专业有：水产养殖、食品科学与工程。
广东省重点专业为：食品科学与工程。
省级特色专业包括：海洋科学（海洋生物）、海洋科学等。
省级精品课程涵盖：海洋经济学、动物繁殖学、食品微生物学、鱼类增养殖学、水产食品加工学、传热传质学、金工实习等。
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