早在1906年，四川通省农业学堂在成都厚载门内宝川局右侧的旧仓库中诞生，标志着四川第一所农业学堂的成立，也开启了四川农业大学的历史篇章。6月1日，学堂率先开学，而9月12日则举行了盛大的开学典礼。该校最初设置了农业、蚕业和林业的预科及本科课程。到了1910年4月，学堂迁移至成都东门外望江楼附近的农业试验场，并在此修建了新的校舍。
辛亥革命后，1912年，经四川省军政府批准，学堂更名为四川高等农业学校，并设立了大专部和中专部。
1914年，学校更名为四川公立农业专门学校，并增设了农本科和蚕本科。
1927年8月，四川公立农业专门学校与其他四所专门学校合并，共同组成了公立四川大学，其中公立农专成为公立四川大学农科学院。
1931年，四川省政府决定将原公立四川大学的工科和农科改为独立学院，农科学院被命名为四川省立农学院。
1935年7月，四川省立农学院与重庆大学农学院合并，成为国立四川大学的农学院，此后学院得到了较大的发展。
1952年，全国高等学校院系调整，四川大学农学院在部分系调出的同时，纳入了西南农学院、云南大学农学院、川北大学和西昌技艺专科学校的农艺、林业、畜牧、兽医专业，为学院的发展奠定了坚实基础。
1956年，经国务院批准，四川大学农学院迁至雅安独立建校，并更名为四川农学院。
1956年9月5日，四川农学院在雅安举行成立大会，当时在校学生1134人，教职工515人，其中专任教师205人。
1959年，学校开始招收水稻栽培、兽医产科、玉米育种、家畜饲养和家禽育种专业的三年制硕士研究生。但由于“文革”的影响，这一招生工作一度中断，直到1978年才得以恢复。
1985年，经四川省人民政府批准，学校更名为四川农业大学，并开始招收博士研究生。
中共中央总书记胡耀邦同志亲自题写了校名。
1991年，学校获准设立博士后科研流动站。
1996年和1998年，四川农业大学先后通过国家“211工程”建设部门预审和立项审核，正式成为国家重点建设的高校之一。
2001年，进入新世纪，学校在雅安建设了新校区，迎来了快速发展期。同年4月，原四川省林业学校整体并入四川农业大学，成为都江堰校区。
2005年，学校在成都温江区开始建设研究生院和科学研究院，至此，学校已拥有雅安、都江堰和温江三个校区。
2010年10月8日，四川农业大学成都校区正式启用并举行了开学典礼，形成了“一校三区”的办学格局。
以下是学院的详细介绍：
农学院包括作物遗传育种学系、作物栽培与耕作学系、特种植物生产学系等；
经济管理学院涵盖农业经济与公共管理系、财务与会计系等；
资源与环境学院设有土壤与植物营养学系、土地资源与信息技术系等；
园林系、景观设计系、艺术设计系等；
动物科技学院包括动物科学系、野生动物保护系等；
动物医学院涵盖基础兽医系、预防兽医系等；
林学院设有林业系、木材科学与工程系等；
园艺学院包括园艺系、设施农业科学与工程系等；
机电学院涵盖农业机械化系、电气化系等；
食品学院设有食品科学与工程系、食品质量与安全系；
信息工程学院包括计算机科学系、信息工程系；
水利水电学院涵盖农业水利工程系、水利水电工程系等；
生命科学学院设有生物化学与分子生物学系、动物学系等；
理学院包括应用化学系、应用物理系等；
文法学院涵盖英语系、人力资源管理系等；
政治学院设有思想政治教育系；
艺术与体育学院包括体育系、设计艺术系等；
建筑系、城乡规划系、管理科学与工程系等；
土木工程学院涵盖建筑工程系、岩土与地下工程系等；
旅游学院设有旅游管理系、资源保护与生态旅游系等；
商学院包括工商管理系、电子商务系等；
独立研究所涵盖动物营养研究所、水稻研究所等；
其他机构包括新农村发展研究院、远程与继续教育学院等。
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