安徽大学的历史可追溯至1928年，在当时的省会安庆市创立。历经抗战时期西迁并一度停办，1945年抗日战争胜利后，安徽大学在安庆市复校，并借鉴河南大学的模式，更名为国立安徽大学。众多著名学者如姚永朴、刘文典、王星拱等曾在此任教或主持校政。
1949年12月，安徽大学迁至芜湖市，与安徽学院合并，恢复校名为安徽大学。
1952年，在思想改造运动后，安徽省委决定将安徽大学迁至省会合肥，并迅速启动新校基本建设工作。
1954年，全国高校院系调整，安徽大学部分系科调入华东地区相关院校，同时引入新的系科，成立师范、农学两个学院。1954年2月，分别独立组建安徽农学院（现安徽农业大学）和安徽师范学院（现安徽师范大学），安徽大学建制取消。
1958年，原安徽大学基建班子在合肥西门外建设的新校落成。省委原计划将安徽师范学院迁至合肥新址办学，但根据形势变化和需求，决定师范学院留在芜湖，并在合肥新校建立“合肥大学”，由曾希圣兼任校长。同时，将安徽师范学院的物理系整体迁入合肥大学，其他系科的部分骨干教师和管理干部也加入合肥大学。
1958年7月5日，国务院第七次会议决定曾希圣兼任合肥大学校长，张行言、孙陶林任副校长。7月21日，省委决定成立合肥大学党委，由张行言任书记，原解放军南京军区师范学校政委方志明任第一副书记。
同年9月16日，毛主席亲临合肥视察，并为安徽大学提名，使其成为毛泽东同志亲笔题写校名的少数大学之一。
1993年，安徽省委、省政府响应国家战略，决定重点支持安徽大学进入国家“211工程”。
1996年，安徽大学通过“211工程”部门预审。
1997年12月，学校正式成为国家“211工程”重点大学，也是安徽省继中国科技大学后的第二所“211工程”重点高校。
1998年，经省政府批准实施“211工程”建设项目，同年李鹏、乔石等领导亲笔题词祝贺学校建校70周年。
1999年，学校作为“211工程”项目院校在国家正式立项建设。
2000年，原安徽银行学校和安徽财政学校并入安徽大学。
2001年6月，学校顺利完成“九五”“211工程”建设任务，并通过国家整体项目验收。同年，温家宝同志亲切接见了“全国十大扶贫状元”该校教师何家庆同志。
2002年11月7日和2003年9月17日，学校《“十五”“211工程”建设项目可行性研究报告》和《仪器设备购置计划》分别通过教育部专家组的立项审核和国家计委中国国际工程咨询公司专家组的考察评估。
2002年12月28日，占地2000余亩的磬苑校区举行开工典礼，并于2004年开始投入使用。
2004年6月，学校《“十五”“211工程”建设项目可行性研究报告》获得国家发改委批复，正式在国家立项建设。
2006年6月，学校顺利通过国家“十五”“211工程”整体项目验收。
2007年11月，学校以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
2013年8月，学校成为安徽省与教育部共建高校，享受直属高校待遇。
截至2014年7月，安徽大学设有26个院（系、部），开设87个本科专业，涵盖数学科学、物理与材料科学、化学化工、计算机科学与技术、电子信息工程、生命科学、文学、历史、哲学、新闻传播、经济、管理、法学、社会学、艺术等多个领域。
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