追溯至1958年，中共吉安地委秉承中共中央、国务院及江西省委的指导，于吉安市设立了吉安工学院、吉安农学院、吉安医学院以及吉安师范学院四所高等院校。同年12月，地委作出决策，将四校合并，创建井冈山大学。经过江西省人民委员会的批准，1959年7月1日，井冈山大学正式得名。然而，1963年7月，因国家经济困境，该校暂停办学。
1977年10月，在原井冈山大学的基础上，江西师范学院井冈山分院得以建立。1982年4月，经教育部批准，设立了吉安师范专科学校。
到了2000年3月，教育部再次批准，吉安师范专科学校与吉安教育学院合并，共同组成了井冈山师范学院。
1978年8月，以原井冈山大学医学院为基础，成立了江西医学院吉安分院。1993年4月，经国家教委批准，更名为井冈山医学高等专科学校。
1984年3月，经国家教委批准备案，吉安地区工业职工大学应运而生，并于1986年更名为吉安地区职工大学。同期，吉安地区工交干部学校成立。2002年4月，井冈山职业技术学院正式成立。
2003年7月9日，教育部批准井冈山师范学院、井冈山医学高等专科学校及井冈山职业技术学院合并，组建井冈山学院，并启动井冈山大学的筹建工作。2004年5月18日，中共江西省委宣布了井冈山学院的新领导班子。2007年8月与9月，国家教育部、江西省人民政府分别同意将井冈山学院更名为井冈山大学。2007年10月28日，井冈山大学举行了盛大的挂牌仪式及省部共同重点支持建设签约仪式。
以下是井冈山大学的学院设置概览：
01 井冈山大学政法学院：涵盖政法系、思想政治理论课教学研究室、社会工作教育中心。
02 井冈山大学马克思主义学院。
03 井冈山大学人文学院：包含中文系、历史系、新闻系。
04 井冈山大学外国语学院：设有英语系、亚欧语言系、公共外语教学部。
05 井冈山大学商学院：涵盖经济学系、工商管理系。
06 井冈山大学数理学院：包含数学系、物理系。
07 井冈山大学机电工程学院：设有电气工程系、机械设计制造与自动化系、生物医学工程系。
08 井冈山大学建筑工程学院：涵盖建筑学系、土木工程系。
09 井冈山大学化学化工学院：包含化学系、化学工程系。
10 井冈山大学生命科学学院：设有生命科学系。
11 井冈山大学电子与信息工程学院：涵盖电子工程系、信息工程系、计算机科学系。
12 井冈山大学教育学院：设有教育系。
13 井冈山大学医学院：包含医学系、中医学系、口腔医学系、药学系、基础医学教学部。
14 井冈山大学临床医学院：涵盖临床医学系、中医学系、口腔医学系。
15 井冈山大学护理学院：设有护理系。
16 井冈山大学艺术学院：包含音乐系、美术系。
17 井冈山大学体育学院：涵盖体育系、公共体育教学部。
18 井冈山大学国防生学院。
19 井冈山大学培训学院。
20 井冈山大学继续教育学院。
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