怀化学院的创立可追溯至1958年成立的黔阳师范专科学校。在这期间，学校经历了两次停办和五次更名的重大变迁。
1958年6月，在湖南省委和省教育厅的批准下，黔阳师范专科学校在黔阳县（今洪江市）清香坪成立，并设有中师部（黔阳师范），最初开设中文和数学科目。到了1960年，学校增设了俄语专科，学制为两年。
1960年11月，学校更名为黔阳专区师范学院，但在1961年7月又恢复黔阳师范专科学校名称。1962年6月，黔阳师专停办，仅保留高师函授教学辅导站，其余新生和部分教师并入邵阳师专，大部分教师、干部及校产移交给黔阳师范。
与此同时，辰溪师范并入黔阳师范，承担起全区师资培养的任务。
1976年9月，中共湖南省委宣传部批准筹办“湖南师范学院黔阳分院”，1977年4月，在原师训班基础上成立的“湖南师范学院黔阳分院”正式建立。
1978年冬季，黔阳师范专科学校正式恢复，并设有政教、中文、外语、数学、物理、化学、体育、艺术等8个科。
1980年前后，中文、外语两科迁至怀化新址；到了1986年，学校结束了在两地办学的局面。
1982年，原湖南农学院黔阳分院并入该校。
1983年，学校更名为“怀化师范专科学校”。
1986年，原怀化地区教师进修学院并入，学校开始承担全区中学教师的进修和培训任务。
2000年，黔阳师范整体并入学校。
2002年3月，学校升格为本科院校，并更名为怀化学院。
2004年，学校获得学士学位授予权。
截至2014年9月，学校设有21个教学系（部、中心），开设50个本科专业，覆盖经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学、艺术学等九大学科门类。
以下是怀化学院校区院系及专业设置概览：
【西区】
- 物理与信息工程系：物理学、电子信息科学与技术、通信工程、广播电视工程、光电信息科学与工程。
- 怀化学院艺术设计系：工业设计、风景园林、视觉传达设计。
- 怀化学院体育系：体育教育、社会体育。
【怀化学院生命科学系】
- 生物工程、生物科学、园林、食品科学与工程、食品质量与安全。
【化学与化学工程系】
- 制药工程、材料化学、科学教育、化学教育、材料科学与工程。
【怀化学院音乐舞蹈系】
- 音乐学、舞蹈学、音乐表演。
【怀化学院美术系】
- 美术学。
【东区】
- 怀化学院教育科学系：学前教育、小学教育、人文教育。
- 怀化学院计算机工程系：计算机科学与技术、网络工程、IBM。
- 怀化学院中国语言文学系：汉语言文学、广播电视新闻学。
- 数学与应用数学系：数学与应用数学、信息与计算机科学。
- 怀化学院外国语言文学系：英语语言文学、商务英语。
- 怀化学院政法系：法学、思想政治教育（思政）。
- 怀化学院公共管理系：公共事业管理、社会工作、土地资源管理。
【怀化学院商学系】
- 旅游管理、物流管理、酒店管理。
【怀化学院经济系】
- 国际经济与贸易、投资学。
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