哈尔滨学院的筹备工作启动于1999年，是年5月，黑龙江省教委组织专家团队对原有的哈尔滨师范专科学校、哈尔滨大学、哈尔滨教育学院、哈尔滨成人教育学院以及哈尔滨师范学校进行了详尽的实地调研。遵循国家对高等院校管理体制改革的“共建、调整、合作、合并”原则，旨在加速哈尔滨高等教育体制的改革进程、优化教育资源配置、合理调整教育结构，确保科学教育与城市发展策略的实施，更好地服务于哈尔滨市社会经济和基础教育人才需求，专家团队提出了创建哈尔滨学院的建议。
1999年6月，黑龙江省政府向教育部提交了《关于申请组建哈尔滨学院的函》。2000年3月22日，国家教育部颁发《关于同意建立哈尔滨学院的通知》，正式批准由“三校两院”合并而成的哈尔滨学院成立。同年5月25日，黑龙江省政府发布了《关于建立哈尔滨学院的批复》。2006年3月，哈尔滨市财经学校并入哈尔滨学院。
原先的“四校两院”均隶属于哈尔滨市，其中哈尔滨师范学校的历史可以追溯到1934年成立的北满特别区师范学校，哈尔滨师范专科学校成立于1978年，哈尔滨大学成立于1983年，哈尔滨市教育学院和成人教育学院分别成立于1950年和1987年，哈尔滨市财经学校则始建于1980年。
截至2014年5月，哈尔滨学院设有工学院、教育科学学院、经济管理学院、理学院、人文学院、软件学院、体育学院、外语学院、艺术与设计学院、政法学院等10个二级学院，以及思想政治理论课教学科研部等1个教学科研部门。
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