1951年，昆明市卫生局正式批准设立昆明中医进修班，标志着中医教育迈出了新的一步。
到了1953年3月，昆明中医进修班在原有基础上，经过上级部门的批准，转型升级为昆明中医进修学校，专注于中医人才的培养。昆明市卫生局副局长王之翰兼任校长一职。
同年，昆明中医进修学校纳入云南省卫生厅的领导之下，校址迁移至昆明市三合营原13号。
1957年1月，学校校址再次迁移至昆明高峣，王天顺担任校长。当年，学校增设了多个培训班，包括中医师资班、针灸师资训练班、中药调剂班、麻风防治干部训练班以及卫生干部文化班。
1958年7月1日，昆明中医进修学校正式更名为云南省中医学校，并迁址至昆明市平政街41号。当年，学校增设了保育训练班和两年制的西医离职学习中医研究班。王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后吴佩衡接任校长，王多海任党总支书记兼副校长。
1960年5月，云南中医学院正式成立，吴佩衡成为首任院长。
1962年初，受国家经济困难影响，云南中医学院面临停办的危机。幸运的是，在周恩来总理的关怀下，学校得以保留。
1964年2月，学校校址迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地面积达30亩。
1971年至1976年，学校培养了630名三年制中医专业毕业生。
1987年9月12日，经过上级批准，学校在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，启动校园扩建工程。
1992年2月，中药系从白塔校区迁至关上校区，关上新校区正式投入使用。
1997年，学校的党政部门全部迁至关上校区办公，关上校区成为学校的校本部。
2005年，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩，用于新校区的建设。
2008年9月10日，呈贡新校区一期工程完工并投入使用，首批1750余名师生入驻。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人，以及近600名教职员工正式入驻呈贡新校区。
2010年11月20日，学院在呈贡校区举行了建校50周年的庆典活动。
学院开设的主要专业包括：护理学、康复治疗学、中草药栽培与鉴定、中药资源与开发、中药学、药物制剂、中西医临床医学、针灸推拿学、食品科学与工程、制药工程、计算机科学与技术、公共事业管理、市场营销、应用心理学、医学实验技术、药学等。
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