自1914年私立金陵大学开设四年制农科，开启我国四年制高等农业教育之先河，至1930年农科发展为金陵大学农学院，我国农业教育史册上留下了浓墨重彩的一笔。新中国成立后，私立金陵大学农学院更名为公立金陵大学农学院。
1917年，南京高等师范学校设立农科，1928年更名为中央大学农学院，1949年又更名为南京大学农学院。
1952年，南京大学农学院与金陵大学农学院及浙江大学农学院部分系科合并，成立了南京农学院，我国著名小麦遗传育种专家金善宝院士担任首任院长。
原南京大学（中央大学）分出的南京农业大学在1963年被国务院确定为全国两所重点农业高校之一。
1972年1月，南京农学院迁至扬州，与苏北农学院合并，成立了江苏农学院。
1979年2月，经国务院批准，南京农学院恢复在南京卫岗原址办学，并重新列入农业部直属全国重点大学。
1984年7月，教育部批准南京农学院更名为南京农业大学。
1998年12月，南京农业大学正式纳入全国"211工程"重点建设大学行列。
1999年4月，南京农业大学成为首批通过全国高校本科教学工作优秀评价的高校。
2000年2月，南京农业大学由农业部划归教育部直接管理。
2000年6月，南京农业大学成立研究生院，成为全国56所具有研究生院的高校之一。
2007年4月，南京农业大学再次以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
以下是南京农业大学各学院的特色专业：
- 农学院：农学、种子科学与工程、金善宝实验班（植物生产方向）
- 植物保护学院：植物保护
- 资源与环境科学学院：农业资源与环境、环境科学、生态学、环境工程
- 园艺学院：园艺、园林、风景园林、中药学、设施农业科学与工程
- 动物科技学院：动物科学
- 动物医学院：动物医学、动物药学
- 经济管理学院：农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务
- 食品科技学院：食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全
- 信息科学技术学院：信息管理与信息系统、计算机科学与技术、网络工程
- 公共管理学院：土地资源管理、行政管理、人文地理与城乡规划、人力资源管理、劳动与社会保障
- 外国语学院：英语语言文学、日语语言文学
- 人文社会科学学院：旅游管理、公共事业管理、法学、表演
- 理学院：信息与计算科学、应用化学
- 生命科学学院：生物科学、生物技术
- 农村发展学院：社会学、农村区域发展
- 金融学院：金融学、会计学、投资学
- 工学院：农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、工业设计、材料成型及控制工程、农业电气化、自动化、电子信息科学与技术、工业工程、工程管理、物流管理。
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