1958年，在中国水利电力建设的热潮中，江西省人民委员会决策创办了江西水利电力学院。当年，为满足工农业生产和技术革命对人才的需求，推动全省社会主义建设事业快速发展，6月28日省人民委员会第一次会议通过决定，由江西省水利厅负责筹办江西水利电力学院，并任命副省长邓洪兼任学院校长。1958年10月，根据水利电力部颁布的教学大纲，经过第一届院务委员会讨论，学院正式提出培养本科生的计划。
在1958年至1961年的四年时间里，学院共招收本科生和专科生563名。然而，1962年因国家面临暂时经济困难，学院一度停办。
（江西工学院水利分院）。
1965年，江西水利电力学院更名为江西水利水电学校，1978年恢复专科层次办学，成立江西水利水电学校（大专部）并合署办学。1980年，江西水利水电学校（大专部）更名为江西工学院（水利分院）。
1983年12月，江西工学院（水利分院）更名为江西水利专科学校。同年，学校部分资源并入江西水利水电学校（1985年7月与江西水利技工学校合署办公）。
（南昌水利水电高等专科学校）。
1987年，江西水利专科学校更名为南昌水利水电专科学校，成为水利电力部直属院校。1992年，学校更名为南昌水利水电高等专科学校，被定位为国家教育部全国示范性高等工程专科重点建设院校。1998年，学校开始与南昌航空工业学院（现南昌航空大学）联合培养本科生。
2004年5月，经教育部批准，南昌水利水电高等专科学校更名升格为南昌工程学院。
2005年，学校获得学士学位授予权。2011年，国务院学位委员会批准南昌工程学院为硕士专业学位研究生培养单位。同年9月，学校被教育部批准为“卓越工程师教育培养计划”高校；10月，被国务院学位委员会批准开展培养硕士专业学位研究生试点工作；12月，学校通过教育部本科教学工作合格评估。2014年9月，学校通过科技部、教育部联合认定的国家级大学科技园，成为江西省继南昌大学、江西师范大学之后的第三家拥有国家级大学科技园的高校。2014年10月，学校被教育部、农业部、国家林业局批准为第一批“卓越农林人才教育培养计划”高校。
学院设有水利与生态工程学院、土木与建筑工程学院、机械与电气工程学院、信息工程学院、工商管理学院、经济贸易学院、人文与艺术学院、理学院、外国语学院、国际教育学院、继续教育学院等多个学院，涵盖水利水电工程、土木工程、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术等多个专业。（具体专业列表省略）
（学院专业介绍省略）
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