徐州医学院的历史可追溯至1958年成立的南京医学院徐州分院。
1959年,新海连医学专科学校并入该校,
到了1960年,经江苏省人民政府批准,学校正式更名为徐州医学院。
自1985年起,徐州医学院开始开展硕士研究生教育。
1996年,学校先后与中国科学院上海药物研究所、大连医科大学以及中国科学技术大学合作,共同培养博士生。
2000年,徐州卫生学校并入徐州医学院。
2005年,徐州医学院以“优秀”等级通过了国家教育部本科教学工作水平评估。
2013年,徐州医学院被批准为博士学位授予单位。
截至2013年12月,徐州医学院设有12个系(部、院),本科专业涵盖临床医学、麻醉学、医学影像学、药学、口腔医学、护理学、生物医学工程、公共事业管理、医学信息学等20个专业。
具体包括临床医学系、麻醉学系、医学影像学系、药学系、公共卫生学系、护理学系、基础医学部、社会科学部、研究生部、体育部,以及临床学院和成人教育学院。
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