1958年4月，周总理亲自批复，湖南省属综合性大学——吉首大学正式成立。
到了1960年，湖南省内高等教育资源进行调整，吉首大学得以保留校名，并设立师范学院。
1978年8月，学校恢复为省属综合性大学，同时吸收了湖南医科大学（现中南大学湘雅医学院）湘西分院和湘潭大学湘西分校。
1979年，吉首大学开始面向全国招收本科学生。
2000年8月，吉首卫生学校并入吉大，丰富了学校的学科体系。
2002年10月，武陵高等专科学校也并入吉首大学，进一步扩大了学校的规模。
2003年，学校荣获硕士学位授予权。
2004年，国家教育部指定中山大学对吉首大学进行对口支援，学校发展步伐加快。
2006年6月，湘西自治州人民医院成为吉首大学第一附属医院。
同年，学校在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀评级。
2008年，国家教育部指定中南大学、中山大学共同支援吉首大学。
2010年，学校在湖南省研究生培养过程质量评估中再次获得优秀评级。
2011年，吉首大学被定位为国家武陵山片区区域发展与扶贫攻坚战略重点支持的大学。
2012年，吉首大学被纳入国家中西部高校基础能力建设工程（小211工程）的重点建设大学名单，并成为教育部第一批"卓越医生教育培养计划"试点大学，承担国家首批"服务国家特殊需求博士人才培养项目"。
2013年，吉首大学启动博士研究生招生工作。
2013年6月，湘西州民族中医院成为吉首大学附属中医院。
以下是吉首大学的部分学院概览：
- 吉首大学文学与新闻传播学院
- 吉首大学信息科学与工程学院
- 吉首大学软件服务外包学院
- 吉首大学化学化工学院
- 吉首大学旅游与管理工程学院
- 吉首大学生物资源与环境科学学院
- 吉首大学商学院
- 吉首大学数学与统计学院
- 吉首大学体育科学学院
- 吉首大学外国语学院
- 吉首大学物理与机电工程学院
- 吉首大学医学院
- 吉首大学音乐舞蹈学院
- 吉首大学法学与公共管理学院
- 吉首大学历史与文化学院
- 吉首大学美术学院
- 吉首大学城乡资源与规划学院
- 吉首大学国际交流与公共外语教育学院
- 吉首大学马克思主义学院
- 吉首大学民族教育预科学院
- 吉首大学继续教育学院
- 吉首大学师范学院
- 吉首大学张家界学院。
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