早在80年代末期，中国科学技术大学便着手制定了一套针对大学生的科研计划，并设立了专门的科研经费，同时向学生开放了部分实验室，致力于推动新型工程技术学科的发展。
在1983年12月，邓小平同志在一份关于中国科学技术大学的报告上作出批示：“据我了解，科技大学办得很有成绩，年轻人才辈出，应当给予支持。”
到了1984年，该校荣幸地被国务院批准为“七五”期间国家重点建设的高校之一。
1992年，中国科学技术大学成功入选“211工程”。
1998年5月，学校再创佳绩，被纳入“985工程”。
1999年12月，合肥经济技术学院并入中国科学技术大学，进一步壮大了学校的规模。
自2000年至2012年期间，中国科学技术大学共有21项成果28次入选中国十大科技进展新闻、中国基础科学研究十大新闻和中国高等学校十大科技进展。
在2007年国家第三批重点学科评选中，中国科学技术大学有8个一级学科被评选为国家重点学科，其中理学类就有6个。
到了2008年，理学博士点的国家重点学科覆盖率达到了100%，而工学博士点的国家重点学科覆盖率也达到了40%。
2012年至2013年间，自然出版集团（NPG）发布的《自然出版指数中国》报告中，中国科大被评为中国大陆高校中的第一名。
截至2013年，中国科学技术大学设有15个学院、30个系，并拥有研究生院，以及苏州研究院、上海研究院、中国科大先进技术研究院等多个研究机构，同时在37个本科专业招生。
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