南通大学，成立于2004年，是由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公立本科院校合并而成的知名学府。
追溯历史，原南通医学院和南通工学院的前身分别是私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校，这两所学校均由近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办。
南通医学院的前身，私立南通医学专门学校，于1912年3月由清末状元张謇及其兄张詧共同创办，是我国最早创办的高等医学院校之一。1927年，南通医学专门学校升级为私立南通医科大学，1928年与南通的农、纺、医三所大学合并，成为私立南通大学医科。1930年11月，私立南通大学更名为南通学院。1937年下半年，因日本帝国主义扩大侵略战争，南通学院被迫停课。1938年8月，南通学院迁至上海，农科、纺织科恢复上课，医科与江苏省立医政学院合并，成立国立江苏医学院。
1946年，南通学院本部迁回南通，并恢复医科。1952年全国高校院系调整，南通学院医科改建为公立医学院，命名为苏北医学院。1956年更名为南通医学院，1957年迁往苏州，更名为苏州医学院，同时在南通设立苏州医学院南通分部。1958年，南通分部独立为南通医学院，归属江苏省管理。1978年9月，南通医学院的隶属关系变为交通部和江苏省双重领导，以交通部为主。2000年2月，南通医学院由交通部划归江苏省人民政府管理，实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。
南通工学院的前身是南通纺织染传习所，创建于1912年4月。1913年9月更名为南通私立纺织专门学校，是我国第一所纺织高等院校。1927年改为南通纺织大学，1928年与医科、农科合并为私立南通大学，1930年成为南通学院纺织科。1952年全国高校院系调整时，南通学院纺织科迁至上海，并入华东纺织工学院。1977年12月，经省人民政府同意复建，成立南京工学院南通分院，1979年1月经国务院批准更名为南通工业专科学校，1980年7月经省政府和教育部批准更名为南通纺织专科学校，1985年1月升格为南通纺织工学院，1995年9月更名为南通工学院。
南通师范学院则是由原南通师范专科学校和南通教育学院于1999年3月经国家教育部批准合并组建的本科高等院校。南通师范专科学校创建于1958年，1962年停办。1976年12月经省政府批准以“扬州师范学院南通分院”名称恢复办学，1979年2月经国务院批准恢复“南通师专科学校”校名。南通教育学院的前身是南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院，分别成立于1959年和1982年。
2004年5月18日，经教育部批准，南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建为南通大学。2009年，南通大学被批准为博士学位授予立项建设单位。
据2014年6月学校官网显示，南通大学设有94个本科专业，涵盖25个学院、1个独立学院、1个国际教育学院和1个继续教育学院，并拥有1所近百年历史的大型综合三级甲等附属医院。
以下是南通大学部分学院的列表：
- 南通大学文学院
- 南通大学理学院
- 南通大学法政学院
- 南通大学商学院
- 南通大学公共管理学院
- 南通大学外国语学院
- 南通大学教育科学学院
- 南通大学化学化工学院
- 南通大学生命科学学院（海洋学院挂靠）
- 南通大学机械工程学院（船舶学院挂靠）
- 南通大学电子信息学院
- 南通大学电气工程学院
- 南通大学计算机科学与技术学院
- 南通大学建筑工程学院
- 南通大学纺织服装学院
- 南通大学公共卫生学院
- 南通大学护理学院
- 南通大学体育科学学院
- 南通大学艺术学院
- 南通大学地理科学学院
- 神经再生重点研究室（神经科学系）
- 南通大学医学院（药学院挂靠）
- 南通大学交通学院（与交通运输工程研究院合署）
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