追溯安徽工程大学的历史，其起源于民国24年西班牙天主教会创办的安徽内思高级工校。该校在抗日战争期间一度停办，民国34年得以复校。解放后，人民政府对该校进行了接管。
1952年9月，芜湖市工业职业学校、安庆高级工业职业学校的机械部分并入，扩建为安徽省芜湖工业职业学校，归省机械工业厅管理。
到了1955年，学校更名为芜湖电力学校。
1961年至1962年，学校先后并入合肥无线电学校、芜湖地区当涂化校1个班及航校部分学生，改由第一机械工业部领导，并更名为芜湖电机制造学校。
1969年3月，学校下放至芜湖市，转型为东方红电机厂，并附设电机制造学校。
1973年7月，学校再次转型，更名为芜湖机械学校，仍属于省机械工业厅。
1977年，学校成为合肥工业大学芜湖教学点，并于次年春季开始招收本科新生。
1979年1月9日，经国务院批准，学校扩建为安徽机电学院。
1984年5月19日，国家标准局直属的中国标准化管理干部学院成立，与安徽机电学院联合办学，统一领导，开展标准化教学和科研活动，承担二年制干部专修科和单科短期培训任务，1985年开始招生。
1935年，西班牙天主教耶稣会创设的安徽私立内思高级工校，解放后更名为芜湖电机制造学校（简称芜湖电校），隶属于国家第一机械工业部。
1972年，学校更名为芜湖机械学校。
1977年，作为合肥工业大学教学点，学校开始招收全日制本科生。
1978年12月，经国务院批准，学校升格为全日制普通本科高等学校，定名为安徽机电学院。
1996年，学校通过原国家教委本科教学合格评价。
2001年12月，学校更名为安徽工程科技学院。
2007年底，在教育部本科教学工作水平评估中，学校获得优秀等级。
2010年3月，学校更名为安徽工程大学。
2013年，安徽工程大学在江西省开始本科一批招生。
2014年，安徽工程大学在安徽省开始本科一批招生。
截至2014年3月，学校设有14个学院（部），开设59个本科专业。具体包括：机械与汽车工程学院、电气工程学院、纺织服装学院、生物与化学工程学院、管理工程学院、计算机与信息学院、艺术学院、数理学院、人文学院、外国语学院、体育学院、建筑工程学院、思想政治理论课教学部、继续教育学院。
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