1951年，昆明市卫生局正式批准设立昆明中医进修班，标志着中医教育的新篇章。
到了1953年3月，昆明中医进修班在原有基础上，经上级同意，升级为昆明中医进修学校，专注于中医人才的培养。该校的校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。
同年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅管理，并将校址迁移至昆明市三合营原13号。
1957年1月，学校迁至昆明高峣继续办学，王天顺担任校长。当年，学校增设了包括“中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”以及“卫生干部文化班”等多个专业班级。
1958年7月1日，昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号。当年，学校新增了“保育训练班”和两年制的“西医离职学习中医研究班”。王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后吴佩衡接任校长，王多海任党总支书记兼副校长。
1960年5月，云南中医学院正式成立，吴佩衡成为首任院长。
1962年初，受国家经济困难影响，云南中医学院面临停办的风险。幸运的是，在周恩来总理的关怀下，学校得以保留。
1964年2月，学校校址迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地面积30亩。
1971年至1976年，学校培养了630名三年制中医专业毕业生。
1987年9月12日，经上级批准，学校在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，进行扩建。
1992年2月，中药系从白塔校区搬至关上校区，标志着关上新校区的正式启用。
1997年，学校的党政部门全部迁至关上校区办公，关上校区自此成为校本部。
2005年，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩，用于新校区的建设。
2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生入驻。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。
2010年11月20日，学院在呈贡校区举行建校50周年的庆典活动。
学院开设的专业包括：护理学、康复治疗学、中草药栽培与鉴定、中药资源与开发、中药学、药物制剂、中西医临床医学、针灸推拿学、食品科学与工程、制药工程、计算机科学与技术、公共事业管理、市场营销、应用心理学、医学实验技术、药学等。
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