1960年1月，南京大学理学院气象工程系正式升级为南京大学气象学院，建院之际，得到了我国首任气象局长的大力支持，一批中央气象局的留洋专家等师资力量加盟南京大学气象学院。
到了1963年5月，南京大学气象学院独立出来，在南京江北龙王山下建立新校，并更名为南京气象学院。
1978年，南京气象学院被国家确定为全国重点大学。
1993年，经过联合国世界气象组织批准，南京气象学院正式成立了“世界气象组织区域培训中心”，肩负起为世界各国培养中高级气象科技人才的重任。
1999年，北京气象学院并入南京气象学院，进一步壮大了学院的师资力量。
2003年4月，南京气象学院在北京设立了分部。
2000年2月，南京气象学院从中国气象局直属高校转变为江苏省属高校。
2004年5月，南京气象学院更名为南京信息工程大学。2007年，中国气象局与江苏省人民政府签署协议，共建南京信息工程大学。
2012年，教育部、中国气象局、江苏省人民政府再次签署协议，共同支持南京信息工程大学的发展。
2014年9月，江苏省人民政府与国家海洋局也达成协议，共同建设南京信息工程大学。
以下为南京信息工程大学部分专业设置：
1 大气科学 理学 大气科学 气科院。
2 应用气象学 理学 大气科学 应气院。
3 农业资源与环境 农学 环境生态 应气院。
4 雷电防护科学与技术 工学 环境与安全 大物院。
5 海洋科学 理学 海洋科学 海洋院。
6 环境科学 理学 环境科学 环科院。
7 生态学 理学 环境科学 环科院。
8 环境工程 工学 环境与安全 环科院。
9 应用化学 理学 化学 环科院。
10 给水排水工程 工学 土建 环科院。
11 遥感科学与技术 工学 测绘 遥感院。
12 资源环境与城乡规划管理 理学 地理科学 遥感院。
13 测绘工程 工学 测绘 遥感院。
14 地理信息系统 理学 地理科学 遥感院。
15 信息与计算科学 理学 数学 数统院。
16 数学与应用数学 理学 数学 数统院。
17 统计学 理学 统计学 数统院。
18 物理学 理学 物理学 物电院。
19 应用物理学 理学 物理学 物电院。
20 材料物理 理学 材料科学 物电院。
21 光信息科学与技术 理学 电子信息科学 物电院。
22 计算机科学与技术 工学 电气信息 计软院。
23 软件工程 工学 电气信息 计软院。
24 网络工程 工学 电气信息 计软院。
25 电子信息工程 工学 电气信息 电信院。
26 通信工程 工学 电气信息 电信院。
27 电子科学与技术 工学 电气信息 电信院。
28 信息工程 工学 电气信息 电信院。
29 测控技术与仪器 工学 仪器仪表 信控院。
30 电气工程与自动化 工学 电气信息 信控院。
31 自动化 工学 电气信息 信控院。
32 物联网工程 工学 电气信息 信控院。
33 会计学 管理学 工商管理 经管院。
34 物流管理 管理学 工商管理 经管院。
35 金融工程 经济学 经济学 经管院。
36 财务管理 管理学 工商管理 经管院。
37 人力资源管理 管理学 工商管理 经管院。
38 市场营销 管理学 工商管理 经管院。
39 国际经济与贸易 经济学 经济学 经管院。
40 信息管理与信息系统 管理学 管理科学与工程 经管院。
41 公共事业管理 管理学 公共管理 公管院。
42 行政管理 管理学 公共管理 公管院。
43 法学 法学 法学 公管院。
44 英语 文学 外国语言文学 语院。
45 汉语言文学 文学 中国语言文学 语院。
46 对外汉语 文学 中国语言文学 语院。
47 翻译 文学 外国语言文学 语院。
48 日语 文学 外国语言文学 语院。
49 动画 文学 艺术类 传媒院。
50 数字媒体艺术 文学 艺术类 传媒院。
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