自1988年4月起，北京工业学院正式更名为北京理工大学。
到了1991年，北京理工大学从原机械电子工业部独立，成为中国兵器工业总公司直属院校。
1992年，该校被中央选定，成为首批14所副部级高校之一，并创建了北京理工大学科技园。
1994年10月，北京理工大学顺利通过211工程预审，成为全国首批重点建设的15所大学之一。
同年，北京理工大学获得教育部批准，成为首批26所具备MBA学位授予权的院校之一，以及首批30所具备EMBA学位授予权的院校之一。
1999年，中国兵器工业总公司进行改制，成立兵器工业集团，同时国防科学技术工业委员会成立，北京理工大学划归其领导。
2000年9月，北京理工大学成为第10所加入985工程的高校，由北京市政府与国防科学技术工业委员会共同重点建设。
2003年10月，北京理工大学科技园获得科技部、教育部批准，晋升为国家大学科技园、国家示范性软件学院。
2004年，北京理工大学被教育部指定为全国34所可自行确定考研复试录取线的高校之一。
该校拥有一级学科博士学位授权点22个，包括数学、应用经济学、教育学、物理学、化学、机械工程、光学工程、生物学、力学、仪器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理、软件工程、安全科学与工程、统计学。
一级学科硕士学位授权点则有38个，涵盖数学、物理学、化学、地球物理学、生物学、科学技术史、力学、仪器科学与技术、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、管理科学与工程、工商管理、公共管理、软件工程、安全科学与工程、统计学、哲学、应用经济学、法学、大气科学、光学工程、设计学、图书情报与档案管理、药学、兵器科学与技术、航空宇航科学与技术、交通运输工程、化学工程与技术、理论经济学、外国语言文学、心理学、新闻传播学。
专业硕士学位授权点共计35个，包括会计、应用统计、法律、艺术、翻译、教育、国际商务、机械工程、兵器工程、仪器仪表工程、航天工程、航空工程、材料工程、车辆工程、动力工程、电子与通信工程、集成电路工程、控制工程、计算机技术、软件工程、化学工程、地质工程、安全工程、核能与核技术工程、环境工程、工业设计工程、生物医学工程、生物工程、项目管理、物流工程、工商管理、高级管理人员工商管理硕士（EMBA）、公共管理、工程管理。
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