追溯至1926年9月，哈尔滨医学专门学校正式成立。
到了1931年11月，该校更名为江西瑞金中国工农军卫生学校。
随后在1932年2月，学校再次更名，成为江西雩都红军军医学校。
1938年，学校迎来新的转折，更名为哈尔滨医科大学。
1940年9月，学校更名为延安中国医科大学。
1945年7月，学校更名为兴山（鹤岗）中国医科大学。
1947年10月，学校更名为龙井以内科为主的中国医科大学第一分校。
1948年3月，学校更名为哈尔滨以五官科为主的中国医科大学第二分校。
1948年4月，学校更名为通化中国医科大学第三分校。
1948年5月，学校更名为平谷地区中国医科大学第四分校。
1949年4月，学校恢复原名，更名为哈尔滨医科大学。
1954年，学校归属卫生部领导。
1956年6月，学校更名为哈尔滨医学院。
1958年4月，哈尔滨医学院由卫生部移交给黑龙江省领导。
1958年11月，学校恢复使用哈尔滨医科大学这一校名。
2004年，学校在黑龙江省大庆市设立哈医大大庆校区。
据2014年学校官网显示，学校设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院暨继续教育学院、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、马列主义学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、体育学部等13个院部。校本部普通高等教育涵盖基础医学（七年制）、临床医学（含七年制、六年制俄语医学专业、六年制日语医学专业、五年制）、口腔医学、护理学、麻醉学、药学、预防医学、医学影像学、公共事业管理、法学、生物技术、生物信息学、临床药学、市场营销、卫生监督等15个专业。
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