追溯至1990年12月，新华毛纺厂厂长宋作文投资创建了自己的职业教育机构，旨在为企业及社会培育具备实战能力的应用型人才。自此，新华职业高中的筹备工作拉开序幕。到了1991年9月25日，新华职业高中正式开学，首批开设了棉纺、毛纺、电工等专业，标志着南山职业教育的发展起步。
1992年11月，经过烟台市人民政府的批准，在新华职业高中的基础上，成立了龙口市南山职业中等专业学校。
1994年9月，时任中央政治局常委、书记处书记、国家副主席胡锦涛亲临学校考察，并对南山职业中专的办学成果给予了高度评价。1995年，学校开始着手规划民办高等教育的发展。
1991年8月至1996年7月，学校进入了成人和学历文凭高等教育阶段。
1996年，南山职业培训学院正式成立。时任山东省副省长张瑞凤亲临落成典礼，见证了学校的成长。
随后，学校与多所高校联合举办成人高等教育。
1998年，经省教育厅批准，南山职业培训学院更名为南山职业专修学院，成为山东省首批高等教育学历文凭考试试点学校。
2000年，学校再次申报设立具有独立颁发学历文凭的高职院校。
2000年6月28日至6月30日，山东省高等学校设学评估专家组一行五人对南山职业专修学院进行了全面考察，并向山东省高等教育设置委员会汇报。最终，学校全票通过评估。
1996年7月至2000年7月，学校进入了高职专科教育阶段。
2000年8月26日，山东省人民政府第47次省长办公会决定：正式设立“山东南山职业技术学院”，并纳入国家计划内统一招生。
2000年11月，山东南山职业技术学院落成典礼在南山体育场举行，时任山东省副省长邵桂芳为学校揭牌。
2003年8月，经山东省人民政府批准，学校向教育部申请建立烟台南山学院。
2004年4月28日，位于龙口市渤海之滨的南山大学园区正式开工奠基。
2004年12月6日至10日，山东省高职院校和成人高校人才培养工作水平评估专家组的七名专家莅临南山学院，进行了为期五天的检查评估。学校被评为优秀。12月18日至20日，全国高等学校设置评议委员会专家组一行五人莅临学校，对学校申报建立烟台南山学院并实施本科教育进行了正式考察。
2000年8月至2004年12月，学校进入了以本科教育为主的高等教育阶段。
2005年1月，全国高等学校设置评议委员会在杭州召开会议，对2004年向教育部申办本科教育的学校进行了投票，学校顺利通过。3月，教育部下发了《教育部关于同意建立烟台南山学院的通知》（教发函[2005]24号），批准学校实施本科教育为主，同时可举办专科层次的高等职业教育。烟台南山学院成为山东省首批民办本科院校。
2014年学校官网显示，学校设有工学院、商学院、人文学院、航空学院4个二级学院。其中，工学院下设材料系、纺织系、机械系、电气与电子工程系、计算机系、食品科学与工程系、数学物理教学部、机械工程实验中心、电气信息实验中心；商学院下设管理科学与工程系、工商管理系、市场营销系、财会金融系、物流管理与工程系、旅游管理系、国际商学系；人文学院下设外语系、艺术设计系、音乐系、社会科学教学部、文史哲研究中心、公共体育教学部。共开设30个本科专业。
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