1948年8月，东北农学院筹备委员会正式成立，刘达担任主任一职；
1948年11月，原长春大学农学院并入；
1949年1月，原东北大学农学院、原东北科学院农林系以及原哈尔滨市第一技术专科学校农学科整合进入东北农学院；
1949年9月，东北农学院正式迎来开学典礼；
1950年1月，东北农学院更名为哈尔滨农学院；
1950年10月，沈阳农学院与哈尔滨农学院实现合并，恢复东北农学院原名；同时，黑龙江省农业专科学校兽医科也并入东北农学院；
1953年3月，北京农业机械化学院农学系的部份教师加入东北农学院；
1994年2月，东北农学院与黑龙江省农业管理干部学院合并，组建为东北农业大学；
2004年12月，黑龙江省乳品工业技术开发中心划归东北农业大学管理；
2006年10月，国家大豆工程技术研究中心（原黑龙江省大豆技术开发研究中心）整体划转至东北农业大学。
截至2014年5月，学校共设有16个学院和1个独立教学部。
农学院包括：农学系、植物保护系、生物技术系。
工程学院涵盖：机械工程系、能源与动力系、工程技术基础部、管理科学与工程系。
电气与信息学院设有：电气工程系、计算机科学与技术系、电子信息工程系、软件工程系、计算机基础教学部、电工电子教学部。
动物科学技术学院包括：动物营养与饲料科学系、动物遗传育种与繁殖系、水产养殖系、草业科学系。
动物医学学院涵盖：基础兽医系、预防兽医系、临床兽医系。
食品学院设有：畜产品加工系、农产品贮藏加工工程系、食品科学系。
生命科学学院（生命科学研究中心）包括：植物生物技术系、动物生物技术系、微生物与生物化工系、生物化学与分子生物学系。
成栋学院涵盖：艺术设计系、艺术与传播系、会计系、经济管理系、生物食品系、电子信息系、人文社科部、基础部、外语系。
园艺学院包括：风景园林系、园艺系、园林系、设施系。
资源与环境学院涵盖：环境科学系、应用微生物系、城镇规划系、土地资源管理系、农业资源管理系、生态科学系。
水利与建筑学院设有：农业水利工程系、水利水电工程系、土木工程系、工程管理系、水文与水资源工程系。
应用技术学院（职业技术学院）包括：农业教育与推广系。
文法学院涵盖：社会科学系、中文教研室、行政管理系、日语教研室、俄语系、英语系、人力资源管理系、旅游管理系、社会工作系、民商法教研室、基础法学教研室、经济法教研室、刑法教研室。
马克思主义学院包括：马克思主义基本原理教研部、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研部、中国近现代史纲要教研部、思想道德修养与法律基础教研部。
理学院涵盖：信息与计算科学系、生物物理系、应用化学系以及实验中心。
国际文化教育学院设有：对外汉语教研室。
艺术学院（艺术教育中心）包括：公共艺术系、视觉传达设计系、数字媒体艺术系、声乐系、器乐系。
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